1استادیار بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی گلستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، گرگان، ایران
2مربی بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی گلستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، گرگان، ایران
3استادیار پژوهشکده فناوریهای نوین زیستی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران
چکیده
یکی از عناصر کلیدی تنظیم مصرف خوراک لپتین میباشد که با تحریک مرکز گرسنگی در هیپوتالاموس باعث تنظیم اشتها میگردد. علاوه بر آن ثابت شده است که این هورمون بر روی عملکرد تولید شیر برخی از گونهها مانند گاو و گوسفند تاثیر میگذارد. هدف از این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی و تفاوت بین گونههای مختلف شتر است که نتایج آن میتواند ما را در شناخت بهتر این ژن و تاثیر آن بر روی عملکرد شتر کمک نماید. توالی ژن لپتین شتر ترکمن (Camelus dromedarius) به کمک توالی یابی کل ژنوم و توالی ژن لپتین شتر عربی (Camelus dromedarius)، شتر دوکانه اهلی (Camelus Bactrianus) و وحشی (Camelus Ferus) از بانک ژن (www.ncbi.nlm.gov) تهیه گردید. در این مطالعه از ژنوم یک نفر شتر ترکمن توالییابی شده توسط دستگاه Hiseq 2000 شرکت ایلومینا استفاده شد. دادههای خام حاصل از توالییابی با استفاده از روش Denovo مونتاژ شد و در مجموع 235978 کانتیگ بدست آمد. سپس با استفاده از خوانش منطقهای، کانتیگ مربوط به ژن لپتین استخراج گردید. سپس با تجزیه و تحلیل ژنوم همترازی بخشهای مختلف توالی درخت فیلوژنی تهیه گردید. در کلیه موارد تجزیه و تحلیل توالیها با استفاده از نرم افزار CLC Genomics Workbench 12 انجام گرفت. نتایج نشان داد که طول و توالی ژن لپتین در گونههای مختلف متفاوت میباشد. همچنین علیرغم تفاوت در توالی اگزونهای ژن لپتین، توالی اسیدهای آمینة پروتئین گونههای مختلف شتر هیچ تفاوتی نداشتند. نتایج این تحقیق با تحقیقات دیگر در گونههای مختلف مشابهت داشت.
Genetic diversity analysis of leptin gene in different species of camel
نویسندگان [English]
K. Nobari1؛ A. Kavian2؛ A. Bahari3
چکیده [English]
As a key element on regulating feed intake, leptin can affect hunger center on hypothalamus to regulation of appetite. Furthermore, it has been shown that leptin gene can have influential on milk production of some species like sheep and cattle. The objective of present study is considering genetic diversity of different species to better understanding of underling effects of the gene on camel production. Leptin gene sequence of Turkmen camel (amelus dromedarius) obtained using whole genome sequence and the sequences of Arabian (amelus dromedarius), wild (Camelus Ferus) and domestic (Camelus Bactrianus) two humped camel were downloaded from gene bank (www.ncbi.nlm.gov). In this study, genome of a Turkmen camel that sequenced by Illumina Hiseq 2000 was used. The gross data of sequence assembled using Denovo method and 235978 contigs were obtained. Then, reads of the contig that containing the leptin gene were extracted from the whole data set. Analysis of the sequence and alignment of different parts of the gene sequence were done for preparing phylogenetic tree. Analysis of the sequences were performed using CLC Genomics Workbench software. The results showed that the length and the sequence of the gene were different in the species. Also, despite the difference on sequence of exons of the leptin gene, sequence of leptin protein was the same in all camels. Results of the research were similar to other researches in different species.