| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 3,027 |
| تعداد مقالات | 33,816 |
| تعداد مشاهده مقاله | 45,213,214 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 58,754,056 |
کشف و فراخوانی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی بر روی توالی ژن های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت گاو هلشتاین (بوس تاروس) و کلیستانی (بوس ایندیکوس) | ||
| علوم دامی | ||
| دوره 34، شماره 130، خرداد 1400، صفحه 203-214 اصل مقاله (1.81 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2020.123350.1879 | ||
| نویسندگان | ||
| مینا سلیم پور1؛ محمدحسین بناءبازی* 2 | ||
| 1دانشجوی دکترای گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان. | ||
| 2استادیار ، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| در مطالعه‌ی حاضر چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی بر روی توالی ژن های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی بررسی شد. برای این منظور ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) از پایگاه SRA استخراج و سپس از طریق همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-seq بروی ژنوم مرجع گاو ،آنالیز بیان ژن افتراقی میان دو جمعیت انجام شد. در نهایت از میان 24616 ژن و 26716 ایزوفرم شناخته شده در گونه گاو، 41 ژن بین دو جمعیت مورد مطالعه بطور معنی داری متفاوت بیان داشتند (000015/0 (p < . آنالیز ماهیت شناسی ژن و مسیرهای بیولوژیکی نشان داد این ژنها در 20 مسیر درگیر می باشند. اکثر این ژنها در مسیرهای پاسخ ایمنی، زنجیره انتقال الکترون، تحمل تنش حرارتی و مقاومت به بیماری درگیر هستند. کشف و فراخوانی چندشکلی-های تک نوکلئوتیدی بر روی توالی کل ترانسکریپتوم این دو جمعیت به فهرستی شامل به‌ترتیب 53478 و 145443 مورد SNP بر روی ترانسکریپتوم آنها انجامید. از این میان، تعداد 24 موردSNP در هلشتاین و 154 مورد درکلیستانی بر روی توالی 23 ژن از مجموع 41 ژن متفاوت بیان شده قرار داشتند . 157 مورد SNP جدید و 21 مورد دارای شماره rs در پایگاه های اطلاعاتی بودند . احتمالا تفاوت بیان ژنهای حامل SNP را می توان به SNP های واقع بر توالی آنها نسبت داد. تعیین ماهیت این SNPها و مشخص نمودن عامل یا غیرعامل بودن آنها، مطالعه بیان اختصاصی آللی و محاسبه پوشش ترانسکریپتومی هر یک از آنها به روشنتر شدن صحت و ساز و کار این موضوع کمک خواهد نمود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| کشف و فراخوانی SNP؛ گاو؛ ترانسکریپتوم؛ RNA-Seq؛ بیان ژن افتراقی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| The Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) discovery and calling on genes deferentially expressed between Holstein (Bos taurus) and Cholistani (Bos indicus) cattle populations | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Mina Salimpour1؛ Mohammad Hossein Banabazi2 | ||
| 1Ph.D candidate, Department of Animal Sciences, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran | ||
| 2Assistant Professor, Department of Biotechnology, Animal Science Research Institute of Iran (ASRI), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. | ||
| چکیده [English] | ||
| In the present study, the single-nucleotide polymorphisms and their transcriptome covereage on differential gene expressions were investigated between Holstein and cholistani population. Thus, the transcriptomes (mRNA Sequence) for a US Holstein and a Pakistanian Colistani cow population were assembled by aligning and mapping the RNA-Seq reads on bovine reference genome. Then differential gene expression analysis was performed. Finally 24616 genes and 26 716 isoforms on the transcriptome of these two populations were found among 41 genes that were showed significantly different expression. (P.value < 0,000015).Analysis of the gene ontology (GO) and routes indicated that they are involved in, 20 pathways A large number of genes in the pathways leading to immune response, leading to translate the electron transfer resistance to thermal stress and disease. A total of 53 478 and 145443 were SNP discovered in the genome of which 154 SNP in Cholistani population and 24 SNP in Holstein population were among 41 genes were significant In 18 genes, no SNP was observed. 23 genes had at least one SNP in each of the populations. The number of SNP in the cholistani breed was almost 5 times expresstion higher than the Holstein breed. These genes also had a high expression in the cholistani popularion breed. This can be one of the causes of differences in gene expression between two populations in this study | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| SNP discovery and calling, Cattle, Transcriptome, RNA-Seq, Differential Gene Expression | ||
| مراجع | ||
|
بنابازی، م. 1395. تدوین استراتژیهای محاسباتی به منظور تلفیق دادههای ترانسکریپتومی (RNA-Seq) در پیشبینیهای مبتنی بر ژنوم گاو شیری. رساله دکتری. دانشگاه تهران.ایران بنابازی، م.، م. ناصر خلیل و س. ر. میرایی آشتیانی. 1392 . شبکه تنظیم بیان ژنهای چرخه سلولی ساکارومیسس سرویسیه به روش همبستگی وزن. سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران. دانشگاه فردوسی مشهد. بنابازی، م.، م. ناصرخیل و س. ر. میرایی آشتیانی. 1391 . الگوریتم شناسایی ژنهای متفاوت بیان شده در داده های حاصل از ریزآرایه مخمر ساکارومیسس سرویسیه با استفاده ازبسته های نرم افزارR . سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران. دانشگاه فردوسی مشهد. سلیم پور، م. 1395. بررسی بیان افتراقی ژن بین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی (یک نژاد پاکستانی) با استفاده از توالی یابی RNA (RNA-seq).پایان نامه کارشناسی ارشد. دانشگاه تهران.ایران Aeschlimann D., MK. Koeller, BL. Allen-Hoffman and DF. Mosher.1998. Isolation of a cDNA encoding a novel member of the transglutaminase gene family from human keratinocytes. Detection and identification of transglutaminase gene products based on reverse transcription-polymerase chain reaction with degenerate primers. J Biol Chem. 273 (6): 3452–60. Bae, J. S., Cheong, H. S., Kim, L. H., NamGung, S., Park, T. J., Chun, J. Y & Shin, H. D. (2010). Identification of copy number variations and common deletion polymorphisms in cattle. BMC genomics, 11(1), 1. Ghaderi Zefrei M., S.R Miraei Ashtiani, M.H. Banabazi, A., Nejati Javaremi, I.G. Imumorin.(2016).Single nucleotide polymorphisms (SNP) on transcriptome of Holstein cows shared with Illumina bovine SNP arrays. Online Journal of Veterinary Research (OJVR).20(3):177-182. Canovas, A., G. Rincon, A. Islas-Trejo, S. Wickramasinghe, and J. Medrano. 2010. SNP discovery in the bovine milk transcriptome using RNA-Seq technology. Mammailian Genome 21(11-12):592 - 598. Djari, A., D. Esquerre, B. Weiss, F. Martins, C. Meersseman, M. Boussaha, C. Klopp, and D. Rocha. 2013. Gene-based single nucleotide polymorphism discovery in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing. BMC Genomics 14(1):307. Dorak, M. T. (Ed.). (2007). Real-time PCR. Taylor & Francis. Utech, K. B. W., Wharton, R. H., & Kerr, J. D. (1978). Resistance to Boophilus microplus (Canestrini) in different breeds of cattle. Crop and Pasture Science, 29(4), 885-895. Ekblom, R., & Galindo, J. (2011). Applications of next generation sequencing in molecular ecology of non-model organisms. Heredity, 107(1), 1-15. Flintoft, L. (2008). Transcriptomics: digging deep with RNA-Seq. Nature Reviews Genetics, 9(8), 568-568. Fries, R., Ruvinsky, A . 1999 The Genetics of Cattle. New York: CABI Publising. Haas, B. J., & Zody, M. C. (2010). Advancing RNA-seq analysis. Nature biotechnology, 28(5), 421 Hansen, P. J. 2004. Physiological and cellular adaptations of zebu cattle to thermal stress. Animal Reproduction Science, 82, 349-360. Huang, W., Nadeem, A., Zhang, B., Babar, M., Soller, M., & Khatib, H. (2012). Characterization and comparison of the leukocyte transcriptomes of three cattle breeds. PLoS One, 7(1), e30244. Langmead, B. and S. Salzberg. (2012). Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods 9:357-359. Li, H. and R. Durbin. (2009). Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics 25(14):1754 - 1760. Marguerat, S., & Bähler, J. (2010). RNA-seq: from technology to biology. Cellular and Molecular Life Sciences, 67(4), 569-579. Ohsawa I, Takamura C, Kohsaka S. Fibulin‐1 binds the amino‐terminal head of β‐amyloid precursor protein and modulates its physiological function. J Neurochem. 2001; 76(5): 1411-20. Park, K.-D., J. Park, J. Ko, B. Kim, H.-S. Kim, K. Ahn, K.-T. Do, H. Choi, H.-M. Kim, S. Song, S. Lee, S. Jho, H.-S. Kong, Y. Yang, B.-H. Jhun, C. Kim, T.-H. Kim, S. Hwang, J. Bhak, H.-K. Lee, and B.-W. Cho. 2012. Whole transcriptome analyses of six thoroughbred horses before and after exercise using RNA-Seq. BMC Genomics 13(1):473. Pennisi, E. (2012). ENCODE project writes eulogy for junk DNA. Genomics Science, 337(1159), 61. Wang, Z., M. Gerstein, and M. Snyder. 2009. RNA-seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics 10:57 - 63. Wang, M,. IG. Kim, PM. Steinert and OW. McBride.1995. Assignment of the human transglutaminase 2 (TGM2) and transglutaminase 3 (TGM3) genes to chromosome 20q11.2. Genomics. 23 (3): 721–2. Wilhelm, B. T., & Landry, J. R. (2009). RNA-Seq , quantitative measurement of expression through massively parallel RNA-sequencing. Methods, 48(3), 249-257. Zhang, C., G. Wang, J. Wang, Z. Ji, Z. Liu, X. Pi, and C. Chen. 2013. Characterization and Comparative Analyses of Muscle Transcriptomes in Dorper and Small-Tailed Han Sheep Using RNA-Seq Technique. PLoS ONE 8(8):e72686. Zheng P, Wang Q, Teng J, Chen J. Calumenin and fibulin-1 on tumor metastasis: Implications for pharmacology. Pharmacol Res. 2015; 99: 11-5 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 518 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 354 |
||