| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,386,824 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,106 |
تجزیه و تحلیل مولکولی جمعیتی از مرغ لاری با استفاده از توالی ناحیه HVR-I ژنوم میتوکندری | ||
| علوم دامی | ||
| مقاله 14، دوره 31، شماره 120، آذر 1397، صفحه 187-196 اصل مقاله (1.1 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2018.116209.1568 | ||
| نویسندگان | ||
| زهرا کرمی1؛ نصراله پیرانی* 2؛ بهروز شیران3 | ||
| 1دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک واصلاح نژاد دام دانشگاه شهرکرد | ||
| 2دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهرکرد. | ||
| 3استاد گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه شهرکرد | ||
| چکیده | ||
| مرغ‌های بومی ایرانی مواد ژنتیکی پایه برای برنامه های اصلاح نژاد محسوب میشوند. انجام برنامه‌های اصلاح نژادی در گام نخست نیازمند شناسایی و حفظ تنوع ژنتیکی این جمعیت هاست. بررسی ژنوم میتوکندری در یک نژاد و مقایسه آن با سایر نژادها میتواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در جمعیت مورد بررسی را ارائه دهد. در مطالعه حاضر، به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی مرغان لاری ایران، تعداد 23 قطعه مرغ از منطقه لارستان فارس به‌عنوان نمونه آزمایشی انتخاب و پس از عمل خون‌گیری، استخراج دی‌ان‌ای انجام شد. بخش HVR-I ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و قطعات تکثیر شده پس از خالص سازی توالی یابی شدند. در کل تعداد 21 توالی با کیفیت بدست آمد که از این میان تعداد 5SNP شناسایی شد. از تجزیه و تحلیل توالی‌های بدست آمده تعداد 3 هاپلوتیپ بدست آمد که با کد دسترسی KF957610و KF957611 وkF957612 در بانک جهانی ژن ثبت گردید. پس از اخذ توالی‌های مشابه ژنوم میتوکندری دیگر نژادهای موجود در بانک ژن و مرغ مرندی و مازندرانی ایران درخت فیلوژنی مربوطه رسم گردید. نتایج فیلوژنی مشخص کرد که مرغان بومی لاری ایران به احتمال زیاد واجد برخی شباهت‌های ژنتیکی با مرغ مرندی، مازندرانی، مرغ بومی کشور آذربایجان، پلیموت راک پرخط‌دار، مرغ ابریشمی و مرغ جنگلی خاکستری می‌باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تنوع ژنتیکی؛ ناحیه D-loop؛ هاپلوتیپ؛ درخت فیلوژنتیکی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Molecular Analysis of LARI chicken population based on HVR-I region of Mitochondrial DNA | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Zahra kARAMI1؛ Nasrollah Pirany2؛ Behroz Shiran3 | ||
| 1Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Sharekord University, Sharekord, Iran | ||
| 2Animal Science Dept. Sharekord University, Iran. | ||
| 3Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, Sharekord University, Sharekord, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Iranian native chickens are considered as the basic genetic material for breeding programs. Breeding programs principally require identification and conservation of genetic diversity of these populations. Assessment of mitochondrial genome in one breed and comparing it with other breeds can give a good indicator of diversity in that population. In order to assess the genetic diversity among Iranian Lari chickens, 23 chickens were selected from Larestan County in Fars Province as the sample of the study. Then, DNA was extracted after blood sampling. The HVR-I section of D-loop region of mitochondrial genome was amplified using specific primers and then the amplified fragments were sequenced after purification. A total of 21 high quality sequences was obtained, among which 5SNPs were identified. Three haplotypes were found from the analysis of the obtained sequences. They were recorded in GenBank under access codes of KF957610, KF957611, and kF957612. Similar mitochondrial genome sequences of other breeds existing in GenBank and Iranian Marandi and Mazandarani chickens were obtained and then the corresponding phylogenic tree was drawn. Phylogenic results indicated that Iranian Lari chickens are more similar to Marandi and Mazandarani, Azerbaijan native, barred Plymouth Rock, and Silky and Sonerati chicken breeds. Then it can be concluded that Iranian Lari native chickens breed may have genetic similarities with these breed. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Genetic diversity, D-loop region, haplotype, Phylogenetic tree | ||
| مراجع | ||
|
پیرانی، ن. محمد هاشمی، آ. علیجانی، ص. رضازاده گلی، ر. و قنبری، ص. (1388). تجزیه و تحلیل ملکولی جمعیتی از مرغ بومی مازندران با استفاده از توالی ناحیه HVR-I ژنوم میتوکندری. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی جلد. 1 صفحه ۵۳ تا ۶۶. محمدی پسته بیگ، ف. پیرانی، ن. شجاع، ج. و محمد هاشمی آ. (1390). تعیین توالی بخش HVS-I ناحیهD-loop ژنوم میتوکندری جمعیتی از مرغ بومی مرندی و ترسیم رابطه فیلوژنی آن با سایر مرغان اهلی. نشریه پژوهش های علوم دامی.جلد 21 صفحه ۱ تا ۹. لطفی پور، م.ص. و رحیمیان، آ. (1392). مبانی پرورش نیمه صنعتی و شناخت مرغ و خروس لاری. چاپ اول، انتشارات کاج طلایی، صفحه ۱۴ تا ۴۲. Adebambo, A.O., Alabu, V., Mwacharo, J., Oladejo M., Adewale, M., Ilori, R., Makanjuola, L., Afolayan, B., Bjornstad, O., Jianlin, H. and Hanotte, O. (2009). Lack of phylogeographic structure in Nigerian village chickens revealed by Mitochondrial DNA D-loop sequence analysis. Poultry Science, 9:503-507. Anderson, S.A.T., Bankier, G., Barrell, M., Bruijn, A., Couson, J., Drouin, I., Nierlich, B., Roe, F. and Sanger, P.H. (1981). Sequence and organization of the human mitochondrial genome. Nature, 290:457-465. Bailes, S.M., Devers, J.J., Kirby, J.D. and Rhoads, D.D. (2007). An expensive, simple protocol for DNA isolation from blood from blood for high-throughput genotyping by polymerase chain reaction or restriction endonuclease digestion. Poultry Science, 86:102-106. Cuc, N.T.K., Simianer H., Groeneveld, L.F. and Weigend, S. (2011). Multiple maternal lineages of Vietnamese local chickens inferred by mitochondrial DNA D-loop sequences. Asian-Australian Journal of Animal Sciences, 24:155-161. Ceccobelli, S. and Lorenzo, P.D. (2013). Phylogeny, genetic relationships and population structure of five Italian local chicken breeds. Italian Journal of Animal Science, 12:410-415. Desjardins, P. and Morais, R. (1990). Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates. Journal of Molecular Biology, 212:595-634. Excoffier, L., Laval G and Schneider, S. (2005). Arlequin version 3.0: an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics (Online), 1:47-50. Fumihito, A., Miyake, T., Sumi, S., Takada, M., Ohno, S. and Kondo, N. (1994). On subspecies of the red jungle fowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds. National Academy of Sciences of the United States of American, 91:12505-12509. Hall, T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment and analysis program for windows 95/98 NT. Nucleic acids symposium series 4:95-98. Hallerman, E.M. (2003). Population Genetics: Principles and application for fisheries scientists. American Fisheries Society, Bethesda, USA. Muchadeyi, F.C., Edind, H., Woollny CBA., Groenereld, E. and Weigend, S (2008). Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village. Animal Genetics, 39:615-622. National Center for Biotechnology Information (NCBI) [Internet]. 1980. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; [1988] – [cited 2010 Apr 06]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Nei, M. (1987). Molecular Evolutionary Genetics. Columbia university press, New York. Oka, T.Y., Nomura, K., Kawashima, S., Kuwayama, T., Hanada, H., Amano, T., Takadam, M., Takahata, N.,Hayashi, Y. and Akishinonomiya, F. (2007). Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins. Animal Genetics, 38:287–293. Silva, P., Guan, X., Ho-Shing, O., Jones, J., Xu, J., Hui, D., Notter, D. and Smith, E. (2008). Mitochondrial DNA-based analysis of genetic variation and relatedness among Sri- Lankan indigenous chickens and the Ceylon jungle fowl (Gallus lafayetti). Animal Genetics, 40:1–9. Sultana, S. and Mannen, H. (2004). Polymorphism and evolutionary profile of mitochondrial DNA control region inferred from the sequences of Pakistani goats. Animal Science, 75:303-309. Tamura, K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M. and Kumar S. (2011). MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution, 28(10):2731-2739. Wallce, D.C. (1992). Mitochondrial genetics a paradigm for aging and degenerative diseases. Science, 256:628-632. Yacoub, H.A. and Fathi, M.M. (2013). Phylogenetic analysis using D-loop marker of mtDNA of Saudi native chicken strains. Animal Science Journal, 44:5-6. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 507 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 278 |
||