| تعداد نشریات | 283 |
| تعداد نشریات سازمان | 81 |
| تعداد شماره‌ها | 2,729 |
| تعداد مقالات | 31,085 |
| تعداد مشاهده مقاله | 29,414,439 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 16,375,415 |
ارزیابی تنوع ژنتیکی اکوتیپهای زیره سیاه ایران (Bunium persicum Boiss) با توالییابی نواحی ITS ازDNA ریبوزومی هسته | ||
| تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران | ||
| مقاله 1، دوره 22، شماره 1، مرداد 1393، صفحه 1-10 اصل مقاله (330.34 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله علمی - پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ijrfpbgr.2014.7645 | ||
| نویسندگان | ||
| مصطفی عظیم‌زاده1؛ رضا امیری2؛ محمد حسن عصاره* 3؛ محمدرضا بی‌همتا4؛ مسیح فروتن5 | ||
| 1دانشجوی دکتری، گروه مهندسی علوم زیستی، دانشکده علوم و فنون نوین، دانشگاه تهران | ||
| 2دانشیار، گروه علوم زراعی و اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران | ||
| 3نویسنده مسئول مکاتبات، استاد، گروه تحقیقاتی زیست فناوری، مؤسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، تهران | ||
| 4استاد، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج | ||
| 5استادیار، گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل | ||
| چکیده | ||
| زیره سیاه گیاه علفی و چندساله از خانواده چتریان است و رویشگاه طبیعی آن به ایران و تعداد کمی از کشورهای همسایه محدود میشود. با هدف ارزیابی تنوع ژنتیکی زیره سیاه ایران، نه اکوتیپ این گیاه از مناطق مختلف کشور جمعآوری شد و ناحیه ITS2 و همچنین ناحیه ITS1-5.8s rRNA- ITS2 روی آنها تکثیر و تعیین توالی شد. توالیها به روش ClustalW توسط نرمافزار MegAlign همردیفسازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنیک و ماتریس تفاوت و تشابه توالیها ترسیم گردیدند. نتایج، تنوع ژنتیکی کمی را بین اکوتیپها نشان داد که در مقایسه با مطالعه پیشین نویسندگان با استفاده از نشانگرهای مورفولوژیک و بیوشیمیایی، تنوع کمتری داشتند. همچنین، در دو اکوتیپ دانشگاه مشهد و کلات نادری، توالی ناحیه ITS1-5.8s rRNA- ITS2 مقایسه شده با توالیهای پایگاه داده ref-seq genomic در سایت BLAST، با گیاهانی مانند آرابیدوپسیس، برنج، سورگوم و انگور سیاه بیشترین درصد شباهت را داشتند. باتوجه به عدم شباهت نتایج حاصل از نشانگر ITS با نتایج حاصل از تعداد قابل توجهی از صفات مورفولوژیک و شیمیایی، این تفاوت بین اکوتیپها قابل توجه نبود. در مجموع، نشانگر ITS2 برای بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای چندان مناسب به نظر نمی‌رسد و پیشنهاد میگردد از سایر نشانگرهای مولکولی برای بررسی تنوع ژنتیکی زیره سیاه استفاده گردد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| زیره سیاه؛ تنوع ژنتیکی؛ ژرمپلاسم طبیعی؛ توالییابی.ITS | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Genetic diversity of Iranian Bunium persicum Boiss ecotypes using sequencing of the ITS region of nuclear ribosomal DNA | ||
| نویسندگان [English] | ||
| mostafa azimzadeh1؛ reza amiri2؛ mohammad hasan asareh3؛ mohammareza bihamta4؛ masih frootan5 | ||
| چکیده [English] | ||
| One of the important perennial herb in Apiaceae family is Black caraway (Bunium persicum) which is growing naturally in some regions of Iran and a few neighboring countries. In order to evaluate genetic diversity of Iranian germplasm, nine ecotypes of the species were collected and their ITS2 and ITS1-5.8s rRNA- ITS2 regions were amplified by PCR and sequenced. Sequences were aligned in the ClustalW method by using MegAlign program. Phylogenic dendrogram, identity and divergence matrices were designed. Low genetic diversity was found among the ecotypes in comparison with previous studies via morphological and biochemical markers. Comparison of the sequences of ITS1-5.8s rRNA- ITS2 regions of two ecotypes (Mashhad University and Kalat Naderi) with ref-seq genomic database at NCBI, showed the highest similarity with Sorghum bicolor, Oryza sativa, Arabidopsis thaliana and Vitis vinifera sequences. Considering low similarity between the results of two distinct studies of the authors, results of morphological and biochemical markers are more reliable than molecular markers (ITS2). It could be concluded that the ITS2 molecular marker does not seem to be compatible for intra-species studies. Other convenient molecular markers for assessment of genetic diversity of black caraway are suggested. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Black caraway (Bunium persicum), Natural germplasm, Genetic diversity, ITS region sequencing | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,213 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,081 |
||