1کارشناسارشد، بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
2دانشیار، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی
3استاد، اصلاح نباتات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
چکیده
سیزده نمونه از گیاه دارویی آویشن، شامل10 نمونه از گونه بومی Thymusdaenensis و نمونههای دیگر مربوط به گونههای T. migricus, T. pubsence و T.fedtschenkoi مورد ارزیابی ژنتیکی قرار گرفتند. بهمنظور ارزیابی تنوع مولکولی نمونههای آویشن، DNA ژنومی به صورت بالک با استفاده از روش CTAB با کمی تغییرات، استخراج گردید. برای انجام واکنش PCR از20 آغازگر رپید استفاده گردید که تنها 8 آغازگر باندهای واضح و تکرارپذیر را نشان دادند. از مجموع 97 باند تولید شده 61% باندها چند شکل بودند. بیشترین تعداد قطعه تکثیر شده (16عدد) مربوط به آغازگرOPA9 و کمترین تعداد (8 عدد) مربوط به آغازگر OPP3 بود. نمونههای شماره 8 (daenensis subs daenensisT.) و 10 ( T. daenensis subs daenensis) در کمترین فاصله ژنتیکی (شباهت 92%) نسبت به هم و نمونههای شماره 2 ( T. migricus ) و 11 (T. daenensis subs daenensis) در دورترین فاصله (شباهت 75%) نسبت به هم قرار داشتند. میانگین تنوع ژنی نی برابر با 2087/0 بهدست آمد. دندروگرام ترسیم شده در فاصله ژنتیکی 80% دو گروه اصلی را بین 13 نمونه مشخص کرد. در یک گروه نمونههایی از سه گونهT. migricus ،T. daenensis و T. pubsence قرار گرفتند و در گروه دوم دو گونهT.daenensis subs daenensis و T. fedtschenkoi قرار گرفتند. بهطورکلی بررسی تنوع در ژنوتیپهای آویشن با استفاده از نشانگر رپید نشان داد که این نشانگر در شناسایی نواحی چند شکلی و تخمین فاصله ژنتیکی و مدیریت ژرمپلاسم میتواند مفید باشد
Using RAPD marker for genetic diversity assessment of several Thymus
Species
نویسندگان [English]
S.B.L. Alamdary1؛ A. Safarnejad2؛ G.A. Nematzadeh3
1M.SC, Agricultural Biotechnology, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Sari, I.R.Iran
2Assoc. Prof., Razavi-Khorasan Agriculture and Natural Resources Center, Mashhad, I.R.Iran
3Prof., Plant Breeding Sari University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Sari, I.R.Iran
چکیده [English]
Thirteen accessions of thyme medicinal plant belonging to Iranian endemic species of Thymus daenensis, T. migricus, T. pubsence and T. fedtschenkoi were studied to asses genetic variation. Genomic DNA was extracted using modified CTAB protocol. DNA was qualified using electrophoresis. Twenty primers were used for PCR analysis, of which only 8 primers showed clear bands. Out of 97 bands 61% were polymorphic. The number of amplification products per primer varied from 8 (OPP3) to 16 (DPA 9). T. daenensis (No. 8 and 10) were in the lowest genetic distance and T. migricus and T. daenensis (No. 11) were in the most genetic distance and the lowest genetic similarity. Dendrogram showed two major clusters. Group 1 was formed by T. daenensis, T. pubsence and T. migricus. Group 2 was formed by T. fedtschenkoi and T. daenensis subs daenensis (No.7). Finally investigating the genetic variation of the plant species by RAPD indicated that RAPD marker is suitable to determine the polymorphic loci and to estimate the genetic distance on the species.