| تعداد نشریات | 285 |
| تعداد نشریات سازمان | 83 |
| تعداد شمارهها | 3,139 |
| تعداد مقالات | 34,918 |
| تعداد مشاهده مقاله | 50,384,013 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 90,277,344 |
Comparison of the genotypes of the West Nile virus identified in Iran and neighboring countries | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 مرداد 1404 اصل مقاله (531.61 K) | ||
| نوع مقاله: Review Article | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2025.369198.3624 | ||
| نویسندگان | ||
| Hamid Staji1؛ Seyedeh Fatemeh Angoshtan* 2 | ||
| 1Department of Pathobiology, Faculty of Veterinary Medicine, Semnan University, Semnan, Iran | ||
| 2Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Semnan University, Semnan, Iran | ||
| چکیده | ||
| West Nile virus (WNV) is a Flavivirus transmitted by arthropods, and it is a public health concern globally. WNV was originally isolated in Uganda, and within a short period, it spread widely and caused outbreaks globally. We conducted this study to research strains from Iran, Azerbaijan, the United Arab Emirates, Pakistan, Iraq, and Turkey to understand WNV spread, genetic diversity, and evolution, and improve monitoring and control programs by evaluating the sources of introduction and modes of transmission. A total of 93 gene sequences from Iran and neighboring countries were downloaded from the NCBI virus database. After filtering, 89 sequences were used for analysis and the construction of phylogenetic trees for several genes, alongside the genome sequences of reference lineages 1 and 2 for comparison. Sequence alignment was performed in MEGA 10 via ClustalW. Phylogenetic trees were constructed using the neighbor-joining method. Phylogenetic grouping stability was determined via the bootstrap analysis (1,000 replications). Our analyses of the capsid, envelope protein, and NS5 genes demonstrated the importance of Iran in the circulation of WNV in the region. Although some sequences from Iran cluster with Turkish sequences, others present evidence of independent evolution. The clustering of Azerbaijani sequences with Turkish sequences and the divergence of Iraqi and Pakistani strains revealed varying degrees of connectivity and isolation. Furthermore, the hosts identified in the region include different species of mosquitoes, birds, and mammals, which were described in detail. Our phylogenetic analysis revealed the geographical distribution of WNV transmission. The genetic diversity and connectivity of the strains provide crucial information for epidemic prediction, virus transmission, and areas that require enhanced surveillance. In the future, these evolutionary patterns will also assist in monitoring WNV transmission in Iran and its neighboring countries. | ||
| کلیدواژهها | ||
| phylogeny؛ whole-genome sequencing؛ viruses؛ phylogenetic analysis؛ arboviruses | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| مقایسه ژنوتایپی سویه های ویروس تب نیل غربی شناسایی شده در ایران و کشورهای هم جوار | ||
| چکیده [English] | ||
| ویروس نیل غربی، یک فلاویویروس منتقله توسط بندپایان است که بهعنوان یک نگرانی مهم بهداشتی در سراسر جهان شناخته میشود. این ویروس نخستین بار در اوگاندا جداسازی شد و در مدت زمان کوتاهی بهطور گستردهای انتشار یافت و موجب بروز همهگیریهای جهانی شد. ما این مطالعه را با هدف بررسی سویههای این ویروس در ایران، آذربایجان، امارات متحده عربی، پاکستان، عراق و ترکیه انجام دادیم تا نحوه انتشار، تنوع ژنتیکی و تکامل این ویروس را بهتر درک کنیم و از طریق ارزیابی منابع ورود و مسیرهای انتقال، برنامههای پایش و کنترل را بهبود بخشیم. در مجموع ۹۳ توالی ژنی از ایران و کشورهای همسایه از پایگاه داده NCBI virus دریافت شد. پس از فیلترکردن سکانس ها، ۸۹ توالی برای تحلیل و ساخت درختهای فیلوژنتیک مربوط به چندین ژن مورد استفاده قرار گرفتند. همچنین برای مقایسه، توالیهای ژنی رفرنس از لینیجهای ۱ و ۲ به این مجموعه اضافه شد. تنظیم توالیها در نرمافزار MEGA 10 با استفاده ازClustalW انجام شد. درخت های فیلوژنتیک با استفاده از روش neighbor-joining رسم شدند و آزمون بوتاسترپ با ۱۰۰۰ تکرار جهت ارزیابی پایداری گروهبندیهای فیلوژنتیکی به کار رفت. تحلیلهای ما روی ژنهای کپسید، پروتئین غشایی (E) و NS5 نشان داد که ایران نقش کلیدی در گردش ویروس نیل غربی در منطقه دارد. برخی توالیهای ایرانی با توالیهای ترکیهای در یک خوشه قرار گرفتند، درحالیکه برخی دیگر مسیرهای تکاملی مستقل را نشان میدادند. همچنین، خوشهبندی توالیهای آذربایجان با ترکیه و تفاوتهای ژنتیکی میان سویههای عراق و پاکستان، درجات متفاوتی از ارتباطات و جدایی بین توالی ها را در این کشورها به نمایش میگذارد. علاوه بر این، میزبانهای شناساییشده در این منطقه جغرافیایی شامل گونههای مختلفی از پشهها، پرندگان و پستانداران هستند که به تفکیک تحلیل شدند. تحلیل فیلوژنتیکی ما توزیع جغرافیایی انتقال ویروس نیل غربی را آشکار کرد. تنوع ژنتیکی و میزان ارتباط بین سویههای منطقه اطلاعات مهمی را برای پیشبینی همهگیریها، بررسی مسیرهای انتقال ویروس و شناسایی مناطق نیازمند پایش بیشتر ارائه میدهد. در آینده، این الگوهای تکاملی میتوانند به پایش دقیقتر انتقال این ویروس در ایران و کشورهای همسایه کمک کنند. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| فیلوژنی, توالی ژنی کامل, ویروس ها, انالیز فیلوژنتیکی, آربوویروس | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 580 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 142 |
||