| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 82 |
| تعداد شماره‌ها | 3,034 |
| تعداد مقالات | 33,949 |
| تعداد مشاهده مقاله | 45,414,509 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 68,839,710 |
Characterization and phylogenetic analysis of NDR domain-containing protein from Strongyloides ratti using Degenerate Primers-Based Polymerase Chain Reaction | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 فروردین 1404 اصل مقاله (560.74 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2025.366218.3208 | ||
| نویسنده | ||
| A. Jolodar* | ||
| چکیده | ||
| The intestinal nematode Strongyloides ratti is important as an optimal model the human pathogen, S. stercoralis. A pair of degenerate primers was designed to amplify the target gene associated to the NDR domain-containing proteins based on the two conserved regions using the related nematode protein sequences. The putative NDR domain-containing gene fragment of 249 bp from the S. ratti was amplified using Touchdown RT-PCR. The results showed that the amplified fragment between these two motifs from S. ratti with the C-terminus part of reference protein has 66.3% similarities. By searching the EST (Expressed Sequence Tags) GenBank database, an overlapping 1082 bp cDNA fragment named SrNDR was compiled and found to contain a 972-nucleotide open reading frame that encodes a protein of 324 amino acids of 23.4 kDa expected molecular mass and a calculated pI of 7.64. The phylogram of SrNDR revealed that the gene variants of S. ratti SrNDR were grouped together with a strong bootstrap score of 87. Domain search analysis, showed the e-values of 1.05e-100 with the conserved NDR1 domain-containing of hydrolase superfamily protein (pfam03096) between amino acid residues 9 to 287. The core domain of SrNDR folded with 12 alpha-helical conformation surrounded by 8 stranded antiparallel-beta-sheet. The three-dimensional structure model of SrNDR (residues 31-319) showed 100% similarity with human protein NDRG1 in 248 amino acids with 77% coverage. By using this program, we found a prediction of mostly a-helical (44.86%), Strand (1.08%) and random coils (54.05%) for the coding sequence of SrNDR. Based on the alignment of this protein with the corresponding nematodes, it can play a vital role in the survival of the parasite in the host cells. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| NDR domain containing protein؛ Touchdown RT-PCR؛ Degenerate primers | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| تعیین خصوصیات و آنالیز فیلوژنتیک پروتئین حاوی دامنه NDR از Strongyloides ratti با استفاده از آغازگرهای دجنره در واکنش زنجیره ای پلیمراز | ||
| چکیده [English] | ||
| نماتد روده ای Strongyloides ratti به عنوان یک مدل بهینه برای مطالعه پاتوژن انسانی S. stercoralis مهم است. یک جفت آغازگر دجنره برای تکثیر ژن هدف مرتبط با پروتئین‌های حاوی دامنه NDR بر اساس دو منطقه حفاظت شده با استفاده از توالی‌های پروتئینی نماتودهای مرتبط که از بانک ژن استحصال شده بود، طراحی گردید. قطعه ژن حاوی دامنه NDR با 249 جفت باز از S. ratii با استفاده از Touchdown RT-PCR تکثیر شد. نتایج نشان داد که قطعه تکثیر شده بین این دو موتیف از S. ratti، با قسمت C انتهایی پروتئین مرجع 66.3 درصد شباهت دارد. با جستجو در پایگاه داده های EST (Expressed Sequence Tags) موجود در بانک ژن به کمک قطعه تکثیر شده، یک قطعه cDNA بزرگتر به اندازه 1082 جفت باز با استفاده از نواحی همپوشان تعیین و بنام SrNDR نامگذاری گردید. این قطعه ژن کد شده حاوی 972 نوکلئوتید بود که پروتئینی با اندازه 324 اسید آمینه، با وزن ملکولی 23.4 کیلو دالتون و نقطه ایزوالکتریک 7.64 را کد می کرد. نتایج فیلوگرام نشان داد که توالی های همپوشان ژن SrNDR با بوت استرپ بالا (87) در یک گروه قرار می گیرند. تجزیه و تحلیل جستجوی دامنه پروتئینی، با احتساب احتمال1.05e-100 با پروتئین های محافظت شده حاوی دامنه پروتئینی NDR، بین اسید آمینه های 9 تا 287 با ابر خانواده حاوی آلفا/ بتا هیدرولاز (pfam03096) مشابهت نشان داد. نشان داده شد که دامنه پروتئینی SrNDR با 12 ترکیب آلفا مارپیچ که توسط 8 رشته ناموازی صفحات بتا احاطه شده است. مدل ساختار سه بعدی این پروتئین بین اسید آمینه های 319-31 شباهت 100% با پروتئین انسانی NDRG1 را در 248 اسید آمینه که 77% کل پروتئین را پوشش می دهد، ترسیم گردید. با استفاده از این برنامه، پیش‌بینیشد که این پروتئین عمدتا از مارپیچ های آلفا (86/44 درصد)، صفحات بتا (08/1 درصد) و لوپ های تصادفی (05/54 درصد) برای ناحیه کدگذاری شده SrNDR تشکیل شده است. بر اساس همترازی این پروتئین با نماتدهای مربوطه، این پروتئین می تواند نقش حیاتی در بقای انگل در سلول های میزبان داشته باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| پروتئین حاوی دامنه ان دی آر، تاچ دان پی سی آر, آغازگز دجنره | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 53 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 45 |
||