| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,914 |
| تعداد مقالات | 32,872 |
| تعداد مشاهده مقاله | 43,237,037 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 19,739,209 |
شناسایی نشانگرهای مولکولی ریزماهواره حاصل از داده‌کاوی ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) | ||
| تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران | ||
| مقاله 8، دوره 32، شماره 1 - شماره پیاپی 63، شهریور 1403، صفحه 115-133 اصل مقاله (1.12 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله علمی - پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ijrfpbgr.2025.367090.1467 | ||
| نویسندگان | ||
| زمن مطشر جبرت الله الزبیدی1؛ مهدی سلطانی حویزه* 2 | ||
| 1دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه ژنتیک، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران | ||
| 2گروه ژنتیک و به‌نژادی گیاهی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز، ایران | ||
| چکیده | ||
| سابقه و هدف: تکنولوژی توالییابی نسل بعدی (NGS) فرصتی را برای تجزیه و تحلیل نشانگر مولکولی ریزماهواره که به ژن‌های مسیرهای بیوشیمیایی مرتبط است، ارائه می‌دهد. نشانگرهای مولکولی ریزماهواره روشی قدرتمند برای درک تنوع ژنتیکی هستند. در این مطالعه، از توالییابی ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. مواد و روش: در این پژوهش از داده‌های مطالعه توالییابی ترانسکریپتوم میوه گیاه دارویی هندوانه ابوجهل که تعداد 83807 توالی نوپدید ایجاد کرده بود، استفاده شد. مجموعه رونوشت‌های هم‌گذاری شده گیاه هندوانه ابوجهل برای تعیین فراوانی و توزیع ریزماهواره‌ها بررسی شدند. ما نشانگرهای ریزماهواره را با استفاده از یک ابزار شناسایی قوی و فوق سریع با رابط گرافیکی کاربر پسند برای بررسی گسترده ژنوم ریزماهواره‌ها، به نام Krait v1.5.1 جست‌وجو کردیم. هم‌چنین آغازگرهای اختصاصی نشانگرهای ریزماهواره شناسایی شده توسط نرم‌افزار Krait طراحی گردید و به صورت فایل Fasta ذخیره شد. برای تفسیر کارکردی بلاست ایکس و مقایسه شباهت ژنی توسط نرم‌افزار Venny توالی‌های دارای ریزماهواره ترانسکریپتوم هندوانه‌‌ی ابوجهل علیه توالی‌های نوکلئوتیدی پنج ژنوم مرجع شامل یونی‌‌پرات (Uniprot)، آرابیدوپسیس (Arabidopsis thaliana (Atha)))، هندوانه گرد ((Clan) Citrullus lanatus ))، خیار چنبر تلخ((Mcha)Momordica charantia )) و هندوانه چارلستون گری ((WCG) Citrullus lanatus Charleston Gray)) با مقادیر خطای (E-Value) کم‌‌تر از یک‌‌صد هزارم (10e-5) بلاست شدند. در تفسیر کارکردی دیگر توالی تک‌‌ژن‌‌های حاوی ریزماهواره در سرور تفسیر اتوماتیک (KEGG http://www.Genome.Jp/kegg/kaas) بارگذاری شده و با استفاده از شناسه‌‌های اختصاصی (KO KEGG Orthology) تفسیر شدند. روش اجرایی شناسه‌‌های اختصاصی KO بر اساس روش تک راهنمای شناسایی بهتر | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تیره کدوئیان؛ طراحی آغازگر؛ گیاه دارویی؛ نشانگر مولکولی؛ نقشه ژنتیکی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Identifying microsatellite molecular markers using transcriptome data mining in medicinal plant Citrullus colocynthis L. | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Zaman Mutashar Jabrt Allh Alzubaidi1؛ Mehdi Soltani Howyzeh2 | ||
| 1M.Sc. Student, Department of Genetics, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran | ||
| 2Department of Genetics and Plant Breeding, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Background and objective: Next-generation sequencing (NGS) technology offers an opportunity to analyze microsatellite molecular markers linked to terpenoid pathway genes. Microsatellite molecular markers are a powerful way to understand genetic diversity. In this study, the transcriptome sequencing of the Citrullus colocynthis medicinal plant was used for the first time to identify microsatellite markers. Methodology: In this research, the data of the transcriptome sequencing study of the fruit of the C. colocynthis medicinal plant were used in which 83,807 de novo assembly sequences were prepared. The assembled transcripts of C. colocynthis plant were analyzed to determine the frequency and distribution of microsatellites. We searched for microsatellite markers using Krait v1.5.1, a robust and ultra-fast identification tool with a user-friendly graphical interface for genome-wide screening of microsatellites. Also, specific primers for microsatellite markers identified by Krait software were designed and saved as Fasta files. For the functional annotation and gene similarity comparison, the microsatellites of the C. colocynthis transcriptome against the microsatellites of the nucleotide sequences of the five reference genomes include Uniprot, Arabidopsis thaliana (Atha), Citrullus lanatus subsp. 97103 (Clan), Momordica charantia (Mcha) and Citrullus lanatus subsp. Charleston Gray (WCG) were blasted with E-Value less than 10e-5. In other functional interpretation, the sequences of unigenes containing microsatellites were uploaded to the KEGG automatic interpretation server (http://www.Genome.Jp/kegg/kaas) and interpreted using specific KO (KEGG Orthology) identifiers. The execution method of KO specific identifiers was based on the Single-directional Best Hit method. According to KO assignment, the information of the metabolic pathways related | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Cucurbitaceae, Medicinal plant, Molecular markers, Genetic map, primer design | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 63 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 62 |
||