| تعداد نشریات | 283 |
| تعداد نشریات سازمان | 81 |
| تعداد شماره‌ها | 2,766 |
| تعداد مقالات | 31,497 |
| تعداد مشاهده مقاله | 39,698,889 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 17,254,014 |
مهار ویروس سندرم لکه سفید در میگو با استفاده از پپتیدهای ضد ویروسی: یک بررسی بیوانفورماتیک | ||
| تحقیقات دامپزشکی و فرآورده‌های بیولوژیک | ||
| مقالات آماده انتشار، اصلاح شده برای چاپ، انتشار آنلاین از تاریخ 16 تیر 1403 | ||
| نوع مقاله: مقاله کامل | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2024.365952.2152 | ||
| نویسندگان | ||
| نرگس نظیفی* 1؛ عبدالحسین جانگران نژاد2؛ امین جایدری3 | ||
| 1گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه لرستان | ||
| 2استادیار گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران | ||
| 32. گروه میکروبیولژی و بهداشت مواد غذایی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه لرستان | ||
| چکیده | ||
| ویروس سندرم لکه سفید(WSSV)، به عنوان یکی از شایعترین و کشندهترین پاتوژنها در جمعیت میگو در سطح جهان ظاهر شده است. این ویروس با اتصال به سطح سلولهای میگو از طریق پروتئین VP28 میتواند وارد بدن شده و باعث بروز عفونت شود. در این مطالعه به منظور شناسایی پپتیدهای ضد ویروسی مهار کننده پروتئینVP28، 39 پپتید ضد ویروس از سرور CAMPR3 استخراج شد. مطالعه حاضر با بررسی مجدد آنتیمیکروب (AMP) بودن هر یک از پپتیدها توسط سرور Peptide Scanner شروع و با ارزیابی ویژگیهای فیزیکوشیمیایی، حلالیت، آلرژنیک بودن و همچنین سمیت پپتیدهای ضد ویروسی به ترتیب توسط سرورهایProtParam ، Protein-Sol،AllerTOP،ToxinPred پیش رفت. در ادامه ساختار سوم پپتیدهای غربال شده از مراحل قبل که شاملGinkbilobi، Circulin-F، Cycloviolin-A، Cycloviolin-D، Circulin-C، Kalata-B8 وAntiviral protein Y3 هستند، توسط سرور I-TASSER پیشبینی شد. نتایج فرایند داکینگ مولکولی نشان داد که پپتیدهای مذکور به ترتیب 4، 1، 2، 0، 1، 4 و 10 پیوند هیدوژنی با پروتئین VP28 تشکیل دادهاند. این درحالی است که هریک از آنها به ترتیب دارای 50/25، 38/41، 71/38، 67/36، 33/33، 13/16 و 08/36 درصد اسید آمینه آبگریز هستند. در نهایت، با توجه به نتایج پپتیدAntiviral protein Y3 را میتوان به عنوان اولین انتخاب و پس از آن نیز پپتیدهای Ginkbilobin و Kalata-B8 را به عنوان مناسبترین و امیدوارکنندهترین گزینهها درنظر گرفت. بنابراین پپتیدهای مذکور را بعد از انجام مطالعات دینامیک مولکولی میتوان برای بکارگیری در مطالعات in vitro و in vivo روی مهار ورود WSSV به میزبان میگو و سپس جلوگیری از بروز عفونت توسط این ویروس پیشنهاد داد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| پپتیدهای ضد ویروسی؛ VP28؛ ویروس سندروم لکه سفید؛ بیوانفورماتیک | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Inhibition of White Spot Syndrome Virus in Shrimp using Antiviral Peptides: a Bioinformatics Investigation | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Narges Nazifi1؛ Abdolhossein Jangaran Nejad2؛ Amin Jaydari3 | ||
| 1Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University | ||
| 2Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University, Khorramabad, Iran | ||
| 3Department of Microbiology and Food Health, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University | ||
| چکیده [English] | ||
| White spot syndrome virus (WSSV) has emerged as one of the most common, widespread and deadly pathogens in shrimp. This virus can enter into the shrimps by binding through membrane protein VP28 and cause infection. The present study started with the re-examination of the antimicrobial properties of each of the peptides by the Peptide Scanner server and then continued by evaluating the physicochemical characteristics, solubility, allergenicity and also the toxicity of the antiviral peptides by the ProtParam, Protein-Sol, AllerTOP, ToxinPred servers respectively. Next, the third structure of peptides screened from the previous steps, which include Ginkbilobin, Circulin-F, Cycloviolin-A, Cycloviolin-D, Circulin-C, Kalata-B8 and Antiviral protein Y3, was predicted by the I-TASSER server. The results of the molecular docking process of each peptide with VP28 protein showed that the mentioned peptides formed 4, 1, 2, 0, 1, 4 and 10 hydrogen bonds with VP28 protein, respectively. Meanwhile, each of them has 25.50, 41.38, 38.71, 36.67, 33.33, 16.13 and 36.08 percent of hydrophobic amino acids, respectively. Finally, considering the length of the peptides, the presence of hydrophobic amino acids and the number of hydrogen bonds formed by them and the VP28 protein, Antiviral protein Y3 peptide can be considered as the first choice, followed by Ginkbilobin and Kalata-B8 peptides which considered as the most appropriate and promising options. Therefore, after conducting molecular dynamics studies, the mentioned peptides can be suggested for use in in vitro and in vivo studies on inhibiting the entry of WSSV into the shrimp host and then preventing infection. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Antiviral Peptides, VP28, White Spot Virus Syndrome, Bioinformatics | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 22 |
||