اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات284
تعداد نشریات سازمان83
تعداد شماره‌ها2,532
تعداد مقالات29,158
تعداد مشاهده مقاله17,907,044
تعداد دریافت فایل اصل مقاله13,534,618
Forouharmehr, Ali, Nazifi, Narges, Jaydari, Amin. (1402). Restraint of VP1 Protein of Foot and Mouth Disease Virus Using Specific Antiviral Peptides: an in Silico Investigation. سامانه مدیریت نشریات علمی, (), -. doi: 10.22092/ari.2023.362199.2730
Ali Forouharmehr; Narges Nazifi; Amin Jaydari. "Restraint of VP1 Protein of Foot and Mouth Disease Virus Using Specific Antiviral Peptides: an in Silico Investigation". سامانه مدیریت نشریات علمی, , , 1402, -. doi: 10.22092/ari.2023.362199.2730
Forouharmehr, Ali, Nazifi, Narges, Jaydari, Amin. (1402). 'Restraint of VP1 Protein of Foot and Mouth Disease Virus Using Specific Antiviral Peptides: an in Silico Investigation', سامانه مدیریت نشریات علمی, (), pp. -. doi: 10.22092/ari.2023.362199.2730
Forouharmehr, Ali, Nazifi, Narges, Jaydari, Amin. Restraint of VP1 Protein of Foot and Mouth Disease Virus Using Specific Antiviral Peptides: an in Silico Investigation. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1402; (): -. doi: 10.22092/ari.2023.362199.2730

Restraint of VP1 Protein of Foot and Mouth Disease Virus Using Specific Antiviral Peptides: an in Silico Investigation

Archives of Razi Institute
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 اردیبهشت 1402
نوع مقاله: Original Articles
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2023.362199.2730
نویسندگان
Ali Forouharmehr* 1؛ Narges Nazifi2؛ Amin Jaydari3
1Department of animal science, Faculty of agriculture, Lorestan university, Khorramabad, Iran
2Department of Pathobiology, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University, Khorramabad, Iran.
3Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University, Khorramabad, Iran.
چکیده
Foot and mouth disease is one of the important threats in the animal husbandry industry which leads to huge economic losses. The current project was designed to inhibit VP1 protein of Foot and mouth disease virus using specific peptides. To do so, a wide range of potential antiviral peptides were collected from database. Physicochemical properties, hydrophobicity/hydrophilicity and solubility properties of potential antiviral peptides were investigated using reliable servers. Then, tertiary structures of selected peptides along with VP1 protein were modeled by the I-TASSER server. Moreover, interactions between VP1 protein and selected antiviral peptides were investigated using the ClusPro 2.0 server. Finally, the outputs of molecular docking were assessed by LigPlot+ and visualized by PyMol software. The results revealed that, Dermaseptin-3, Ginkbilobin, Circulin-F, Maximin1, Cycloviolin-A, Cycloviolin-D, Circulin-C, Cycloviolin-C and Antihypertensive protein BDS-1 peptides with hydrophobicity >30 were soluble with positive instability index and positive net charge. Also, the results of the molecular docking process demonstrated that Dermaseptin-3 and Ginkbilobin peptides could strongly inhibit the VP1 protein using 10 hydrogen bonds. Therefore, these two peptides which had the most hydrogen bonds were introduced as the best anti- Foot and mouth disease virus peptides to apply.
کلیدواژه‌ها
Foot and mouth disease؛ VP1؛ Antimicrobial Peptide؛ In Silico
عنوان مقاله [English]
مهار پروتئین VP1 ویروس بیماری تب برفکی با استفاده از پپتیدهای اختصاصی ضد ویروسی: یک بررسی اینسیلیکو
چکیده [English]
بیماری تب برفکی یکی از تهدیدهای مهم در صنعت دامپروری است که خسارات اقتصادی زیادی را به دنبال دارد. پروژه فعلی برای مهار پروتئین VP1 ویروس تب برفکی با استفاده از پپتیدهای اختصاصی طراحی شده است. برای انجام این پروژه، طیف گسترده ای از پپتیدهای ضد ویروسی بالقوه از پایگاه داده جمع آوری شدند. خواص فیزیکوشیمیایی، آبگریزی/آب دوستی و خواص حلالیت پپتیدهای ضد ویروسی بالقوه با استفاده از سرورهای قابل اعتماد مورد بررسی قرار گرفت. سپس ساختارهای سوم پپتیدهای انتخابی همراه با پروتئین VP1 توسط سرور I-TASSER مدل‌سازی شدند. علاوه بر این، تقابل بین پروتئین VP1 و پپتیدهای ضد ویروسی انتخاب شده با استفاده از سرور ClusPro 2.0 مورد بررسی قرار گرفت. در نهایت، خروجی های داکینگ مولکولی توسط LigPlot+ ارزیابی و توسط نرم افزار PyMol مشاهده شدند. نتایج نشان داد که پپتیدهای Dermaseptin-3، Ginkbilobin، Circulin-F، Maximin1، Cycloviolin-A، Cycloviolin-D، Circulin-C، Cycloviolin-C وAntihypertensive protein BDS-1 دارای آبگریزی >30 و به دلیل شاخص ناپایداری مثبت، محلول قلمداد شدند و همچنین دارای شارژ خالص مثبت نیز بودند. نتایج فرآیند داکینگ مولکولی نشان داد که پپتیدهای Dermaseptin-3 و Ginkbilobin می توانند پروتئین VP1 را با استفاده از 10 پیوند هیدروژنی به شدت مهار کنند. بنابراین، این دو پپتید که دارای بیشترین پیوند هیدروژنی بودند، به عنوان بهترین پپتیدهای ضد ویروس تب برفکی برای استفاده معرفی شدند.
کلیدواژه‌ها [English]
بیماری تب برفکی, VP1, پپتیدهای ضد میکروبی, این سیلیکو
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 22


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب