- همه نشریات
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
- مجلات ترویجی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- سایر نشریات سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- نشریات علمی انجمن ها
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 83 |
| تعداد شماره‌ها | 2,533 |
| تعداد مقالات | 29,161 |
| تعداد مشاهده مقاله | 17,912,069 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 13,538,157 |
Evaluation of five genomic DNA extraction methods for downstream molecular applications in fresh and herbarium leaves of Astragalus fridae | ||
| Rostaniha | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 30 بهمن 1402 | ||
| نوع مقاله: Research Paper | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/bot.j.iran.2023.360969.1343 | ||
| نویسندگان | ||
| Zahra Alidoosty Shahraky1؛ Atefe Amirahmadi* 2؛ Parisa Farrokh3؛ Arezou Rezaei3؛ Javad Ghasemian4 | ||
| 1Msc Graduate in Biochemistry, School of Biology, Damghan University, Damghan, Iran | ||
| 2Assistant Prof., School of Biology and Institute of Biological Sciences, Damghan University, P.O. Box 36716-45667, Damghan, Iran | ||
| 3Assistant Prof., School of Biology and Institute of Biological Sciences, Damghan University, Damghan, Iran | ||
| 4Assistant Prof., School of Mathematics and Computer Sciences, Damghan University, Damghan, Iran | ||
| چکیده | ||
| The protection of genetic resources is crucial for safeguarding national assets as natural resources face various threats such as climate change and changing land use. To conserve endangered species like Astragalus fridae (Fabaceae), which is an endemic species of gypsum soils of Semnan province, Iran, and is on the brink of extinction due to limited distribution and habitat destruction, establishing a gene bank is essential. To ensure the survival of this species, it is necessary to extract high-quality and high-quantity DNA. This research evaluated five genome extraction methods including Protocol A (main CTAB), Protocol B (CTAB without β-mercaptoethanol), Protocol C (CTAB without ammonium acetate), Protocol D (modified method of Murray and Thompson), and Protocol E (Gene All-Kit), to determine their ability to extract DNA from fresh and herbarium leaves of A. fridae. The quality and quantity of DNA were assessed using gel electrophoresis and spectrophotometry, and the usability of the purified DNA was tested by PCR of the ITS region of nuclear ribosomal DNA. Protocol D yielded the highest quality of the extracted genome from fresh leaves, and Protocol A extracted the highest DNA concentration from fresh leaves. Although Protocols B and C extracted a reasonable amount of genome of acceptable quality with dry leaves, the ITS region was not amplified in these samples, rendering them unsuitable for DNA extraction of A. fridae. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Astragalus fridae؛ DNA extraction؛ endangered؛ endemic؛ CTAB | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| ارزیابی پنج روش استخراج DNA ژنومی برای کاربردهای مولکولی پایین دست در برگ‌های تازه و هرباریومی Astragalus fridae | ||
| نویسندگان [English] | ||
| زهرا علیدوستی شهرکی1؛ عاطفه امیراحمدی2؛ پریسا فرخ3؛ آرزو رضایی3؛ جواد قاسمیان4 | ||
| 1کارشناسی ارشد بیوشیمی، دانشکده زیست شناسی، دانشگاه دامغان، دامغان، ایران | ||
| 2استادیار دانشکده زیست شناسی و پژوهشکده علوم زیستی، دانشگاه دامغان، کدپستی 45667-36716، دامغان، ایران | ||
| 3استادیار دانشکده زیست شناسی و پژوهشکده علوم زیستی، دانشگاه دامغان، دامغان، ایران | ||
| 4استادیار دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه دامغان، دامغان، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| حفاظت از ذخایر ژنتیکی جزو حیاتی حفاظت از سرمایه ملی است. از آن جایی که منابع طبیعی توسط عوامل مختلفی از جمله تغییرات آب و هوایی و تغییر کاربری اراضی تهدید می شود، بنابراین ایجاد بانک ژن برای حفاظت از گونه های در خطر انقراض ضروری به نظر می‌رسد. Astragalus fridae (باقلاییان) گونه بومی خاک‌های گچی استان سمنان (ایران) است که به دلیل پراکنش محدود و تخریب زیستگاه در حال انقراض می‌باشد. برای اطمینان از بقای این گونه، باید تلاش هایی برای استخراج DNA با کیفیت و کمیت بالای آن انجام شود. پنج روش استخراج ژنوم شامل پروتکل A (CTAB اصلی)، پروتکل B (CTAB بدون بتامرکاپتواتانول)، پروتکل C ( CTAB بدون استات آمونیوم)، پروتکل D ) روش اصلاح شده موری و تامسون) و پروتکل E (کیت Gene All)، از نظر توانایی آن ها در استخراج DNA از برگ های تازه و هرباریومی مورد ارزیابی قرار گرفتند. کیفیت و کمیت DNA توسط ژل الکتروفورز و اسپکتروفتومتری بررسی شد. قابلیت استفاده DNA خالص شده توسط PCR ناحیه ITS DNA ریبوزومی هسته ای مورد آزمایش قرار گرفت. بالاترین کیفیت ژنوم استخراج شده به پروتکل D با برگ های تازه اختصاص یافت. بیشترین غلظت DNA از برگ های تازه (پروتکل ( A به دست آمد. اگرچه مقدار معقولی از ژنوم با کیفیت قابل قبول توسط پروتکل های B و C با برگ های خشک استخراج شد، منطقه ITS در این نمونه ها تکثیر نشد. بنابراین، پروتکل های B و C برای استخراج ژنوم A. fridae مناسب نبودند. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| گون گچی, استخراج DNA, در معرض خطر, انحصاری, CTAB | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 74 |
||
سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب