- همه نشریات
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
- مجلات ترویجی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- سایر نشریات سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- نشریات علمی انجمن ها
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 281 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 2,500 |
| تعداد مقالات | 28,788 |
| تعداد مشاهده مقاله | 17,304,828 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 13,075,635 |
Complete genome sequencing of an embryonated chicken egg-adapted Duck atadenovirus A | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 اسفند 1401 | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2022.360121.2557 | ||
| نویسندگان | ||
Mohsen Bashashati  ؛ Mansour Banani؛ Bahram Haerian Ardakani؛ Fereshteh Sabouri
| ||
| Department of Avian Disease Research and Diagnostics, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| Egg drop syndrome (EDS) is prevalent in industrial poultry globally. This disease is caused by Duck atadenovirus A or EDS virus (EDSV), a member of the genus Atadenovirus under the family Adenoviridae. The disease is attributed to significant economic losses in the poultry industry worldwide, due to drop in egg production, reduction in egg quality and failure to reach the maximum egg production. Oil‐adjuvant inactivated vaccines are widely used in the poultry industry and provided good protection to immunized chickens against EDS. In this study, full length genome of an embryonated chicken egg-adapted EDSV strain 127 was genetically and phylogenetically analyzed. After extraction of viral DNA from the allantoic fluid, overlapping fragments of the viral genome sequence were generated by PCR using 25 pairs of primers. Purified PCR products were subjected to complete genome sequencing by next generation sequencing (NGS) approach. The nucleotide homology observed between genomes of studied strain and that of laying chickens’ original strain 127 (NC_001813) was 99.9%. Its genome was 33,213 bp in length, with a G + C content of 43.01%. When comparing the genome sequence of egg-adapted virus to strain 127, we found only three non-synonymous single-nucleotide polymorphisms (SNPs) between these viral genome sequences. Of these SNPs, two mutations of S320G and I62K were found within the coding regions of fiber and hypothetical proteins which may play a role in the adaptation of EDSV in the embryonated chicken eggs. The full genome sequencing of EDSV using NGS techniques provides insights into discovery of genetic variants. Moreover, the genome sequence information of the EDSV provides valuable information for vaccine development in near future. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Egg drop syndrome؛ Duck atadenovirus A؛ egg-adapted virus؛ next generation sequencing (NGS)؛ molecular characterization | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار | ||
| چکیده [English] | ||
| سندرم کاهش تولید تخم‌مرغ (EDS) در اکثر کشورهای دنیا به‌طور فراگیر در طیور صنعتی شایع است. این بیماری توسط آتادناویروس اردک A و یا ویروس EDS (EDSV) ایجاد می‌شود که عضوی از جنس آتادناویروس و خانواده آدنوویریده است. بیماری مرتبط با خسارات اقتصادی قابل توجه در صنعت طیور تجاری در سراسر دنیا بدلیل کاهش تولید تخم‌مرغ، کاهش کیفیت تخم‌مرغ و عدم رسیدن به پیک تولید می‌باشد. واکسن‌های کشته با ادجوانت روغنی عمدتاً در طیور صنعتی استفاده می‌شوند و حفاظت خوبی را دربرابر EDS ایجاد می‌کنند. در این مطالعه، EDSV آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار مورد آنالیز ژنتیک و فیلوژنتیک قرار گرفت. پس از استخراج DNA ویروسی از مایع آلانتوئیک تخم‌مرغ جنین‌دار آلوده، بااستفاده از 25 جفت پرایمر کل توالی ژنوم ویروسی توسط PCR تکثیر گردید. پس از تخلیص محصولات PCR، آمپلیکون‌ها مورد توالی‌یابی کل ژنومی بااستفاده از توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) قرار گرفتند. همولوژی نوکلئوتیدی مشاهده شده بین ژنوم‌های سویه مورد مطالعه و سویه اصلی 127 مرغان تخم‌گذار (NC_001813) 9/99 درصد بود. ژنوم این سویه دارای طول 33213 نوکلئوتیدی با محتویات G+C 01/43 درصد بود. درمقایسه توالی ژنومی ویروس مورد مطالعه با سویه 127، تنها 3 پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP) بین این توالی‌های ژنومی ویروسی یافت شد. از این SNP ها، موتاسیون S320G و I62K در مناطق کدکننده پروتئین‌های فیبر و فرضی مشاهده شد که ممکن است در آداپتاسیون EDSV در تخم‌مرغ جنین‌دار نقش بازی کند. توالی‌یابی کل ژنوم EDSV بااستفاده از روش NGS اطلاعات جامعی در کشف واریانت‌های ژنتیکی ارائه می‌دهد. بعلاوه، اطلاعات توالی ژنومی EDSV فراهم‌کننده اطلاعات ارزشمند برای تولید واکسن در آینده نزدیک است. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| سندرم کاهش تولید تخم‌مرغ (EDS), آتادناویروس اردک A, ویروس آداپته‌شده در تخم‌مرغ, توالی‌یابی نسل جدید (NGS), توصیف مولکولی | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 16 |
||
سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب