اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات286
تعداد نشریات سازمان84
تعداد شماره‌ها2,873
تعداد مقالات32,558
تعداد مشاهده مقاله42,482,864
تعداد دریافت فایل اصل مقاله19,247,849
Khazaei, S, Dalimi, A, Pirestani, M, Ghafarifar, F. (1401). In silico Analysis of a 29 kDa Echinococcus granulosus Protoscolex Protein (P29) as a Vaccine Candidate against Cystic Echinococcosis. سامانه مدیریت نشریات علمی, 78(1), 323-335. doi: 10.22092/ari.2022.359082.2367
S Khazaei; A Dalimi; M Pirestani; F Ghafarifar. "In silico Analysis of a 29 kDa Echinococcus granulosus Protoscolex Protein (P29) as a Vaccine Candidate against Cystic Echinococcosis". سامانه مدیریت نشریات علمی, 78, 1, 1401, 323-335. doi: 10.22092/ari.2022.359082.2367
Khazaei, S, Dalimi, A, Pirestani, M, Ghafarifar, F. (1401). 'In silico Analysis of a 29 kDa Echinococcus granulosus Protoscolex Protein (P29) as a Vaccine Candidate against Cystic Echinococcosis', سامانه مدیریت نشریات علمی, 78(1), pp. 323-335. doi: 10.22092/ari.2022.359082.2367
Khazaei, S, Dalimi, A, Pirestani, M, Ghafarifar, F. In silico Analysis of a 29 kDa Echinococcus granulosus Protoscolex Protein (P29) as a Vaccine Candidate against Cystic Echinococcosis. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1401; 78(1): 323-335. doi: 10.22092/ari.2022.359082.2367

In silico Analysis of a 29 kDa Echinococcus granulosus Protoscolex Protein (P29) as a Vaccine Candidate against Cystic Echinococcosis

Archives of Razi Institute
مقاله 41، دوره 78، شماره 1، فروردین و اردیبهشت 2023، صفحه 323-335    اصل مقاله (960.84 K)
نوع مقاله: Original Articles
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2022.359082.2367
نویسندگان
S Khazaei؛ A Dalimi* ؛ M Pirestani؛ F Ghafarifar
Department of Parasitology, Faculty of Medical Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
چکیده
Vaccination can be a key step in controlling hydatid cyst infection in humans and livestock in endemic areas of the disease. The aim of the Present study was to determine some of the basal biochemical properties followed by prediction and screening of B-cell and MHC-binding epitopes of EgP29 protein in silico. Some of the basic physico-chemical properties along with antigenicity, allergenicity, solubility, post-translational modification (PTM) sites, subcellular localization, signal peptide, transmembrane domain, secondary and tertiary structures followed by refinement and validations were computationally determined for this protein. Also, B-cell epitopes were predicted and screened using various web servers, while MHC-binding and CTL epitopes were predicted using IEDB and NetCTL servers, respectively. The protein is a 238-residue, 27 kDa molecule, with high thermotolerance (aliphatic: 71.81) and hydrophilicity (negative GRAVY). There were several glycosylation and phosphorylation sites in the sequence, without a transmembrane domain and signal peptide. Moreover, several B-cell and MHC-binding epitopes were found in the EgP29 protein, which could be further used in multi-epitope vaccines. In conclusion, results of the present study can be a promising sign for achieving effective approaches to the preparation of a multi-epitope vaccines against echinococcosis. So, it is necessary that the effectiveness of the protein and its epitopes be evaluated in vitro and in vivo.
کلیدواژه‌ها
Hydatid cyst؛ Echinococcus granulosus؛ P29 protein؛ Epitopes؛ In silico
عنوان مقاله [English]
آنالیز پروتئین 29 کیلو دالتون (P29) پروتوسکولکس اکینوکوکوس گرانولوزوس به عنوان یک کاندید واکسن علیه کیست اکینوکوکوزیس در شرایط سیلیکو (in silico)
چکیده [English]
واکسیناسیون می تواند گامی کلیدی برای کنترل عفونت کیست هیداتید در انسان و دام در مناطق اندمیک این بیماری باشد. مطالعه حاضر با هدف تعیین برخی از خواص بیوشیمیایی پایه و به دنبال آن پیش‌بینی و غربال‌گری اپی توپ‌های اتصالی به سلول B و MHC پروتئین EgP29 در شرایط سیلیکو (in silico) انجام شد. برخی از خواص فیزیکی و شیمیایی پایه همراه با خصوصیات آنتی ژنی، حساسیت زایی، حلالیت، مکان های اصلاح پس از ترجمه (PTM)، مکان یابی درون سلولی، پپتید سیگنال، حوزه گذر غشایی، ساختارهای ثانویه و ثالثی و به دنبال آن محاسبه پالایش و اعتبارسنجی این پروتئین بررسی شد. همچنین، اپی توپ های سلول B با استفاده از سرورهای مختلف وب پیش بینی و غربالگری شدند، علاوه بر این اپی توپ های MHC-binding و CTL به ترتیب با استفاده از سرورهای IEDB و NetCTL نیز پیش بینی شدند. این پروتئین یک مولکول 238 اسید آمینه ای، با وزن مولکولی 27 کیلو دالتون، دارای خاصیت تحمل درجه حرارت بالا (آلیفاتیک: 71.81) و آب دوستی (GRAVY منفی) است. در توالی آن دارای چندین محل گلیکوزیلاسیون و فسفوریلاسیون و بدون دامنه گذر غشایی (transmembrane) و پپتید سیگنال است. علاوه بر این، چندین اپی توپ متصل به سلول B و MHC در پروتئین EgP29 یافت شد که می تواند برای تهیه واکسن های چند اپی توپی مورد استفاده قرار گیرد.

بطورکلی، نتایج مطالعه حاضر می تواند نشانه امیدبخشی برای دستیابی به رویکردهای موثر برای تهیه واکسن چند اپی توپی علیه اکینوکوکوزیس باشد. لذا لازم است که کارآیی پروتئین و اپی توپ های آن باید in vitro و in vivo نیز مورد بررسی قرار گیرند.
کلیدواژه‌ها [English]
کیست هیداتید, اکینوکوکوس گرانولوزوس, پروتئین P29, اپی توپ, در شرایط سیلیکو
سایر فایل های مرتبط با مقاله
مراجع
  1. Khademvatan S, Majidiani H, Foroutan M, Hazrati Tappeh K, Aryamand S, Khalkhali HR. Echinococcus granulosus genotypes in Iran: a systematic review. J Helminthol. 2019;93(2):131-8.
  2. Tamarozzi F, Deplazes P, Casulli A. Reinventing the Wheel of Echinococcus granulosus sensu lato Transmission to Humans. Trends Parasitol. 2020;36(5):427-34.
  3. Larrieu E, Gavidia CM, Lightowlers MW. Control of cystic echinococcosis: Background and prospects. Zoonoses Public Health. 2019;66(8):889-99.
  4. Anvari D, Rezaei F, Ashouri A, Rezaei S, Majidiani H, Pagheh AS, et al. Current situation and future prospects of Echinococcus granulosus vaccine candidates: A systematic review. Transbound Emerg Dis. 2021;68(3):1080-96.
  5. Craig PS, Hegglin D, Lightowlers MW, Torgerson PR, Wang Q. Echinococcosis: Control and Prevention. Adv Parasitol. 2017;96:55-158.
  6. Carmena D, Benito A, Eraso E. Antigens for the immunodiagnosis of Echinococcus granulosus infection: An update. Acta Trop. 2006;98(1):74-86.
  7. Gonzalez G, Spinelli P, Lorenzo C, Hellman U, Nieto A, Willis A, et al. Molecular characterization of P-29, a metacestode-specific component of Echinococcus granulosus which is immunologically related to, but distinct from, antigen 5. Mol Biochem Parasitol. 2000;105(2):177-84.
  8. Wang H, Li Z, Gao F, Zhao J, Zhu M, He X, et al. Immunoprotection of recombinant Eg.P29 against Echinococcus granulosus in sheep. Vet Res Commun. 2016;40(2):73-9.
  9. Parvizpour S, Pourseif MM, Razmara J, Rafi MA, Omidi Y. Epitope-based vaccine design: a comprehensive overview of bioinformatics approaches. Drug Discov Today. 2020;25(6):1034-42.
  10. Khazaei S, Moghadamizad Z. Echinococcus granulosus cyclophilin: Immunoinformatics analysis to provide insights into the biochemical properties and immunogenic epitopes. Inform Med Unlocked. 2022;30:100925.
  11. Shams M, Javanmardi E, Nosrati MC, Ghasemi E, Shamsinia S, Yousefi A, et al. Bioinformatics features and immunogenic epitopes of Echinococcus granulosus Myophilin as a promising target for vaccination against cystic echinococcosis. Infect Genet Evol. 2021;89:104714.
  12. Shams M, Nourmohammadi H, Basati G, Adhami G, Majidiani H, Azizi E. Leishmanolysin gp63: Bioinformatics evidences of immunogenic epitopes in Leishmania major for enhanced vaccine design against zoonotic cutaneous leishmaniasis. Inform Med Unlocked. 2021;24:100626.
  13. Asghari A, Nourmohammadi H, Majidiani H, Shariatzadeh SA, Shams M, Montazeri F. In silico analysis and prediction of immunogenic epitopes for pre-erythrocytic proteins of the deadly Plasmodium falciparum. Infect Genet Evol. 2021;93:104985.
  14. Majidiani H, Dalimi A, Ghaffarifar F, Pirestani M. Multi-epitope vaccine expressed in Leishmania tarentolae confers protective immunity to Toxoplasma gondii in BALB/c mice. Microb Pathog. 2021;155:104925.
  15. Majidiani H, Dalimi A, Ghaffarifar F, Pirestani M, Ghaffari AD. Computational probing of Toxoplasma gondii major surface antigen 1 (SAG1) for enhanced vaccine design against toxoplasmosis. Microb Pathog. 2020;147:104386.
  16. Galeh TM, Spotin A, Mahami-Oskouei M, Carmena D, Rahimi MT, Barac A, et al. The seroprevalence rate and population genetic structure of human cystic echinococcosis in the Middle East: A systematic review and meta-analysis. Int J Surg. 2018;51:39-48.
  17. Oli AN, Obialor WO, Ifeanyichukwu MO, Odimegwu DC, Okoyeh JN, Emechebe GO, et al. Immunoinformatics and Vaccine Development: An Overview. Immunotargets Ther. 2020;9:13-30.
  18. Mourglia-Ettlin G, Miles S, Hernandez A, Dematteis S. Ageing impairs parasite-specific antibody responses in cystic echinococcosis. Parasite Immunol. 2018;40(1).
  19. Wen H, Vuitton L, Tuxun T, Li J, Vuitton DA, Zhang W, et al. Echinococcosis: Advances in the 21st Century. Clin Microbiol Rev. 2019;32(2).
  20. Ben Nouir N, Nunez S, Gianinazzi C, Gorcii M, Muller N, Nouri A, et al. Assessment of Echinococcus granulosus somatic protoscolex antigens for serological follow-up of young patients surgically treated for cystic echinococcosis. J Clin Microbiol. 2008;46(5):1631-40.
  21. Gharibi Z, Rahdar M, Pirestani M, Tavalla M, Tabandeh MR. The Immunization of Protoscolices P29 DNA Vaccine on Experimental Cystic Echinococosis in Balb/c Mice. Acta Parasitol. 2021;66(4):1114-21.
  22. Abraham Peele K, Srihansa T, Krupanidhi S, Ayyagari VS, Venkateswarulu TC. Design of multi-epitope vaccine candidate against SARS-CoV-2: a in-silico study. J Biomol Struct Dyn. 2021;39(10):3793-801.
  23. Safavi A, Kefayat A, Sotoodehnejadnematalahi F, Salehi M, Modarressi MH. In Silico Analysis of Synaptonemal Complex Protein 1 (SYCP1) and Acrosin Binding Protein (ACRBP) Antigens to Design Novel Multiepitope Peptide Cancer Vaccine Against Breast Cancer. Int J Pept Res Ther. 2019;25(4):1343-59.
  1. Mann M, Jensen ON. Proteomic analysis of post-translational modifications. Nat Biotechnol. 2003;21(3):255-61.
  2. Zhang W, You H, Li J, Zhang Z, Turson G, Aili H, et al. Immunoglobulin profiles in a murine intermediate host model of resistance for Echinococcus granulosus infection. Parasite Immunol. 2003;25(3):161-8.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 2,292
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 389


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب