| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,387,051 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,161 |
Detection of Canine Parvovirus Type 2 by Designing Multiple Methods and Genetic Characterization in Iran | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 24، دوره 77، شماره 6، بهمن و اسفند 2022، صفحه 2207-2214 اصل مقاله (627.09 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2022.358646.2273 | ||
| نویسندگان | ||
| A Morovvati1؛ H Keyvanfar* 1؛ T Zahraei Salehi2؛ S. D Mousavi Nasab3؛ M Zargar4 | ||
| 1Department of Pathobiology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran | ||
| 2Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran | ||
| 3Department of Research and Development, Production and Research Complex, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran | ||
| 4Department of Microbiology, Qom Branch, Islamic Azad University, Qom, Iran | ||
| چکیده | ||
| Canine parvovirus infection is the most highly infectious in dogs younger than six months. Our study aimed to design and optimize an In-house PCR Assay for Rapid Detection of parvovirus type 2 and compares it with REAL-TIME PCR and LAMP Assay and phylogenetic analysis. The virulence gene selected for the categories was vp2 for CPV-2. PCR products were cloned in pTZ57R/T plasmid for preparation of positive control. Determination of the specificity of primers was done with the negative control virus genomes, and the limit of detection was determined for the Homemade PCR, REAL-TIME PCR, LAMP, and to perform a phylogenetic study using partial vp2 gene sequences. Added analysis of PCR products using agarose gel electrophoresis for the vp2 gene showed 485bp, and GAPDH 900 bp bands, respective amplification using negative control genomes as template was negative. The least detectable copy number for the vp2 gene in a 25 µl PCR reaction equals 19 copies by homemade PCR, LAMP, and REAL-TIME PCR 25 and 21 copies, respectively. The phylogenetic analysis for the five field sequences formed three distinct clusters. The in-house PCR has advantages such as high specificity, sensitivity, and the ability to detect major CPV-2 pathogens. This assay may replace the previous laboratory methods and work as an essential supplement to the more time-consuming assays. Phylogenetic analysis is necessary for epidemiological studies to control and prevent disease. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Polymerase chain Reaction؛ CPV؛ Molecular diagnostic؛ vp2؛ Phylogenetic Analysis | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| تشخیص پاروویروس تیپ 2 با طراحی روش های مختلف و ژنتیکی برای اولین بار در ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| پاروویروس های سگ یکی از مهمترین عوامل ایجاد عفونت در سگ های کمتر از 6 ماه می باشد. در این مطالعه هدف بر طراحی تکنیک و بهینه کردن تکنیکPCR برای تشخیص سریع پاروویروس تیپ 2 سگ و مقایسه با تکنیک های Real Time PCR و LAMP و آنالیز فیلوژنتیک می باشد. ژن vp2 برای شناسایی CPV2 انتخاب گردید. محصولات PCR در پلاسمید pTZ57R/T برای تهیه کنترل مثبت کلون شدند. تعیین ویژگی پرایمرها با ژنومهای ویروس کنترل منفی انجام شد همچنین کمترین میزان تشخیص برای PCR ، Real Time PCR ، LAMP با استفاده از توالی ژن vp2 تعیین شد. تجزیه و تحلیل محصولات PCR با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز برای ژن vp2 باند 485bp و GAPDH 900 جفت باز انجام گردید و برای نمونه های کنترل منفی فاقد باند مورد نظر بود. حداقل تعداد کپی قابل تشخیص برای ژن vp2 در واکنش PCR 19 کپی ، LAMP ،25 و Real Time PCR 21 کپی بود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای پنج توالی ثبت شده ، سه خوشه مجزا را تشکیل داد. تکنیکPCR ، دارای مزایایی مانند ویژگی بالا، حساسیت و توانایی تشخیص پاتوژن CPV 2 است. این تکنیک ممکن است جایگزین روش های سنتی مورد استفاده در آزمایشگاه ها شود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای مطالعات اپیدمیولوژیک برای کنترل و پیشگیری از بیماری ضروری است. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| PCR, CPV, تشخیص مولکولی, vp2, آنالیز فیلوژنتیکی | ||
|
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
| مراجع | ||
|
1. de Oliveira PS, Cargnelutti JF, Masuda EK, Fighera RA, Kommers GD, Silva MCd, et al. Epidemiological, clinical and pathological features of canine parvovirus 2c infection in dogs from southern Brazil. Pesqui Vet Bras. 2018;38:113-8.
2. Decaro N, Desario C, Campolo M, Elia G, Martella V, Ricci D, et al. Clinical and virological findings in pups naturally infected by canine parvovirus type 2 Glu-426 mutant. J Vet Diagn Invest. 2005;17(2):133-8.
3. Aldaz J, García-Díaz J, Calleros L, Sosa K, Iraola G, Marandino A, et al. High local genetic diversity of canine parvovirus from Ecuador. Vet Microbiol. 2013;166(1-2):214-9.
4. Parker J, Parrish CR. Canine parvovirus host range is determined by the specific conformation of an additional region of the capsid. J Virol. 1997;71(12):9214-22.
5. Kapil S, Cooper E, Lamm C, Murray B, Rezabek G, Johnston III L, et al. Canine parvovirus types 2c and 2b circulating in North American dogs in 2006 and 2007. J Clin Microbiol. 2007;45(12):4044-7.
6. Battilani M, Scagliarini A, Tisato E, Turilli C, Jacoboni I, Casadio R, et al. Analysis of canine parvovirus sequences from wolves and dogs isolated in Italy. J Gen Virol. 2001;82(7):1555-60.
7. Ntafis V, Xylouri E, Kalli I, Desario C, Mari V, Decaro N, et al. Characterization of Canine parvovirus 2 variants circulating in Greece. J Vet Diagn Invest. 2010;22(5):737-40.
8. Dastmalchi Saei H, Javadi S, Akbari S, Hadian N, Zarza E. Molecular characterization of canine parvovirus (CPV) antigenic variants from healthy and diarrheic dogs in Urmia region, Iran. Iran J Vet Med. 2017;11(1):9-19.
9. Nikbakhat G, Shahram S, Mohyedidini S. Detection of a new canine parvovirus mutant in Iran. Iran J Vet Med. 2018;12(1):1-7.
10. Hueffer K, Parrish CR. Parvovirus host range, cell tropism and evolution. Curr Opin Microbiol. 2003;6(4):392-8.
11. Soleimani M, Morovvati A, Hosseini SZ, Zolfaghari MR. Design of an improved multiplex PCR method for diagnosis of enterohaemoraghic E. coli and enteropathogic E. coli pathotypes. Gastroenterol Hepatol. 2012;5(2):106.
12. Kang B-K, Song D-S, Lee C-S, Jung K-I, Park S-J, Kim E-M, et al. Prevalence and genetic characterization of canine parvoviruses in Korea. Virus Genes. 2008;36(1):127-33.
13. Soleimani M, Zolfaghari MR, Morovvati A. Development and comparison of conventional PCR and SYBR green real time PCR for detection of Aggregatibacter actinomycetemcomitans and Tannerella forsythensis. Jundishapur J Microbiol. 2013;6(8):1D.
14. Pérez R, Francia L, Romero V, Maya L, López I, Hernández M. First detection of canine parvovirus type 2c in South America. Vet Microbiol. 2007;124(1-2):147-52.
15. Pedroza-Roldán C, Páez-Magallan V, Charles-Niño C, Elizondo-Quiroga D, Leonel De Cervantes-Mireles R, López-Amezcua MA. Genotyping of Canine parvovirus in western Mexico. J Vet Diagn Invest. 2015;27(1):107-11.
16. Chou S-J, Lin H-T, Wu J-T, Yang W-C, Chan K-W. Genotyping of canine parvovirus type 2 VP2 gene in southern Taiwan in 2011. Taiwan Vet J. 2013;39(2):81-92.
17. Wang H-C, Chen W-D, Lin S-L, Chan JP-W, Wong M-L. Phylogenetic analysis of canine parvovirus VP2 gene in Taiwan. Virus Genes. 2005;31(2):171-4.
18. Apaa T, Daly JM, Tarlinton RE. Canine parvovirus (CPV‐2) variants circulating in Nigerian dogs. Vet Record Open. 2016;3(1):000198.
19. Askari Firoozjaii H, Jafari Shoorijeh S, Mohammadi A, Tamadon A. Characterization of Iranian isolates of canine parvovirus in fecal samples using polymerase chain reaction assay. Iran J Biotechnol. 2011;9(1):63-8. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 15,206 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 579 |
||
