| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,387,063 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,163 |
فرا-تحلیل داده‌های بیان ژن ورم پستان ناشی از اشریشیا کلای در گاوهای شیری | ||
| علوم و فنون دامپروری | ||
| دوره 9، شماره 34، خرداد 1399، صفحه 25-36 اصل مقاله (1.4 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله آموزشی ، پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/aasrj.2019.127995.1187 | ||
| نویسندگان | ||
| فرزاد شیبانی1؛ احمد منصوری1؛ هادی آتشی* 2؛ اسماعیل ایراهیمی3؛ محمد دادپسند2 | ||
| 1دانش‌آموخته‌ی کارشناسی ارشد، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز | ||
| 2دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز | ||
| 3دانشیار بخش بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز | ||
| چکیده | ||
| هدف از انجام این پژوهش، فرا-تحلیل داده‌های بیان ژن بافت پستان برای درک پاسخ ایمنی به ورم پستان ناشی از اشریشیا کلای در گاوهای شیری بود. داده‌های ریزآرایه ورم پستان ناشی از اشریشیا کلای از پایگاه داده‌ای NCBI بارگذاری شدند. مراحل مختلف تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار R و Bioconductor انجام شد. برای خواندن داده‌ها از بسته‌ی affy و برای ارزیابی کیفی داده‌ها از بسته‌ی arrayQualityMetrics استفاده شد. داده‌ها با استفاده از بسته‌ی affyPLM پیش‌پردازش شدند. برای تصحیح پس‌زمینه، نرمال‌سازی و خلاصه‌سازی داده‌ها به ترتیب از روش MAS.5، Quantile و Tukey bi-weight استفاده شد. ارزش P برای هر ژن در هر مطالعه با استفاده از آزمون t تعدیل شده در بسته-ی MetaDE محاسبه شد. برای فرا-تحلیل داده‌ها از بسته‌ی MetaDE و روش MaxP استفاده شد. در پایان با استفاده از نرم‌افزار Pathway Studio 2015 شبکه‌های ژنی Common regulator، Common target و Sub network برای ژن‌های معنی‌دار ترسیم شد و هستی‌شناسی آنها بررسی شد. بر اساس آماره FDR حاصل از این مطالعه، 69 ژن موثر بر ورم پستان شناسایی شدند (P < 0.05)، که در بین آنها ژن‌های TLR2، CXCL2، CXCL5، AKT1 و IL1-α به عنوان ژن‌های بسیار تاثیرگذار شناسایی شدند. این ژن‌ها در متابولیسم چربی و پاسخ ایمنی علیه بیمارگرها نقش دارند. تغییر در بیان این ژن‌ها، بر فرآیند‌هایی مانند تکثیر سلولی، تمایز سلولی، مهاجرت سلولی و مرگ سلولی اثر دارند و موجب بروز پاسخ ایمنی به ورم پستان می‌شوند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| بیان ژن؛ ورم پستان؛ فرا-تحلیل؛ هستی‌شناسی ژن | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Meta-analysis of Transcriptomic Data of Mastitis Caused by Escherichia coli in dairy cows | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Farzad Sheibani1؛ Ahmad Mansoori1؛ Hadi Atashi2؛ Esmaeil Ebrahimi3؛ Mohamad Dadpasand2 | ||
| 1Department of Animal Science, Shiraz University, Shiraz, Iran | ||
| 2Department of Animal Science, Shiraz University, Shiraz, Iran | ||
| 3Department f Biotechnology, Shiraz University, Shiraz, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| This study was conducted to perform a meta-analysis on the transcriptomic data of udder tissue to elucidate the bovine immune response to mastitis caused by Escherichia coli. Mastitis microarray data caused by Escherichia coli were downloaded from NCBI database. Different stages of data analysis were performed using R and Bioconductor software. The affy and arrayQualityMetrics package were used to read data and control data quality, respectively. Data preprocessing performed using affyPLM package. The preprocessing steps of background correction, normalization and summarization were carried out using MAS.5, Quantile, and Tukey bi-weight methods, respectively. The moderated t-statistic was used to estimate P-value for each gene and the MaxP method in MetaDE package was used for the meta-analysis. Finally, the Pathway Studio software was used to draw common regulators, common targets and sub networks and to investigate gene ontology. Based on the FDR statistics from this study, 69 affecting mastitis genes were identified (P < 0.05), that’s among them TLR2, CXCL2, CXCL5, AKT1 and IL1-α genes were identified as the most influential genes. These genes are involved in lipid metabolism and immune response against pathogens. Changes in the expression of the identified genes affect processes such as cell proliferation, cell differentiation, cell migration, and cell death and also induce immune response to bovine mastitis. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Transcriptome, Mastitis, Meta-analysis, Gene ontology | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 342 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 194 |
||