اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات283
تعداد نشریات سازمان81
تعداد شماره‌ها2,726
تعداد مقالات31,042
تعداد مشاهده مقاله28,026,001
تعداد دریافت فایل اصل مقاله16,245,190
سلیمی, ایوب, ملوکی, آیدین, گودرزی, حسین, ابراهیمی, سید رضا, ابراهیمی, محمد مجید, خالصی, بهمن. (1400). سکانس کامل سویه IR Clone12 مشتق شده از سویه لاسوتا ویروس نیوکاسل مؤسسه رازی به روش کلونینگ. سامانه مدیریت نشریات علمی, 34(4), 87-96. doi: 10.22092/vj.2020.128090.1632
ایوب سلیمی; آیدین ملوکی; حسین گودرزی; سید رضا ابراهیمی; محمد مجید ابراهیمی; بهمن خالصی. "سکانس کامل سویه IR Clone12 مشتق شده از سویه لاسوتا ویروس نیوکاسل مؤسسه رازی به روش کلونینگ". سامانه مدیریت نشریات علمی, 34, 4, 1400, 87-96. doi: 10.22092/vj.2020.128090.1632
سلیمی, ایوب, ملوکی, آیدین, گودرزی, حسین, ابراهیمی, سید رضا, ابراهیمی, محمد مجید, خالصی, بهمن. (1400). 'سکانس کامل سویه IR Clone12 مشتق شده از سویه لاسوتا ویروس نیوکاسل مؤسسه رازی به روش کلونینگ', سامانه مدیریت نشریات علمی, 34(4), pp. 87-96. doi: 10.22092/vj.2020.128090.1632
سلیمی, ایوب, ملوکی, آیدین, گودرزی, حسین, ابراهیمی, سید رضا, ابراهیمی, محمد مجید, خالصی, بهمن. سکانس کامل سویه IR Clone12 مشتق شده از سویه لاسوتا ویروس نیوکاسل مؤسسه رازی به روش کلونینگ. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1400; 34(4): 87-96. doi: 10.22092/vj.2020.128090.1632

سکانس کامل سویه IR Clone12 مشتق شده از سویه لاسوتا ویروس نیوکاسل مؤسسه رازی به روش کلونینگ

تحقیقات دامپزشکی و فرآورده‌های بیولوژیک
مقاله 10، دوره 34، شماره 4، دی 1400، صفحه 87-96    اصل مقاله (1.01 M)
نوع مقاله: مقاله کامل
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2020.128090.1632
نویسندگان
ایوب سلیمی* ؛ آیدین ملوکی؛ حسین گودرزی؛ سید رضا ابراهیمی؛ محمد مجید ابراهیمی؛ بهمن خالصی
مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، کرج، ایران
چکیده
در چند سال اخیر بیماری نیوکاسل در صنعت طیور خسارات گسترده‌ای از جهت تلفات و افت تولید در مزارع پرورش مرغ گوشتی، تخمگذار و مادر گوشتی در کشور ایجاد نموده است. استفاده گسترده از واکسن‌های زنده و غیرفعّال نیوکاسل سطح ایمنی را تا حد زیادی افزایش می‌دهد، امّا هنوز بیماری نیوکاسل مسئله مهمی در کشورهای در حال توسعه نظیر ایران می‌باشد. تحقیق حاضر با هدف تعیین توالی کامل ویروس نیوکاسل سویه Clone12 IR مشتق شده از سویه لاسوتا انجام گرفت. ابتدا ویروس به تخم‌مرغ جنین‌دار SPF 10 روزه تزریق شد.پس از 72 ساعت مایع آلانتوئیک جمع‌آوری شد. مایع آلانتوئیک با کمک سانتریفوژ دور بالاو گرادیانت ساکارز به صورت مناسب تخلیص شد. RNA ویروسی با کیت تجاری مناسب استخراج شد. با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی (GSP) دو قطعه cDNA ساخته شد. بدون درنظرگرفتن جایگاه ژنی هفت جفت پرایمر طراحی و  ژنوم ویروس با روش PCR آمپلی‌فای شد. هر محصول PCR طولی برابر با (kb 5/2-2) را شامل می‌شد. محصول PCR از روی ژل آگارز یک درصدالکتروفورز استخراج و بر روی پلاسمید pJET1.2 به نسبت سه به یک ligate شد، در ادامه به باکتری TOP10 ترانسفورم شد. پس از تکثیر پلاسمید استخراج گردید. برای اطمینان از کلونینگ موفق آنزیم برش Bgl II استفاده شد. پلاسمیدها برای تعیین توالی به روش سنگر به شرکت تجاری معتبر ارسال شد. در نهایت با استفاده از نرم‌افزار مگا5، تمام 15186 نوکلئوتید تعیین توالی گردید. و در Gene Bank با کد  MH247189 به ثبت رسیده و قابل دسترسی می باشد. ORF شروع و پایان هر ژن مشخص شد.
کلیدواژه‌ها
ویروس بیماری نیوکاسل؛ کلونینگ؛ لاسوتا
عنوان مقاله [English]
Determination of the complete nucleotide sequence of Clone IR 12 strain derived from the LaSota strain of Newcastle Virus of Razi Institute
نویسندگان [English]
A Salimi؛ A Molouki؛ H godarzi؛ S. R Ebrahimi؛ M. M Ebrahimi؛ B Khalesi
Razi Serum and Vaccine Research Institute, Karaj, Iran
چکیده [English]
Newcastle disease (ND) is an important viral disease of poultry causing severe economic losses and drop in egg production in broiler and layers flocks. Despite vaccination with both live attenuated and inactivated NDV strains to immunize birds, ND is still a serious problem in poultry industry especially in developing countries like Iran. plaque purified NDV strain clone IR12 produced by Razi Institute was propagated in 10-day-old SPF emberyonated chicken eggs, then allantoic fluid was harvested. The virus was purified using sucrose-gradient. RNA was extracted and cDNA spanning the whole genome was synthesized using two GSP primers. PCR was run using 7 sets of primers covering the whole cDNA.The PCR products were all gel extracted and ligated to pJET1.2 vector by 3-1 ratios. Successful cloning of each insert was confirmed using restriction enzyme BglII that digests areas flanking the insert in pJET. After confirmation, the inserts were sequenced using Sanger sequencing with pJEt specific primers as well as primers designed to bind to middle regions of each fragment. Sequence of the whole 15186 bp genome was determined by assembling sequences using MEGA 5software. Location of each start (S) and ending (E) gene signals as well as all ORF start and termination codons were determined.
کلیدواژه‌ها [English]
Newcastle disease virus, cloning, sequencing
مراجع

1. Ababneh, M., Dalab. A.E. Alsaad.S.R. A.l.Zghoul M.B and A.Natour .M.Q .2012. Molecular characterization of a recent Newcastle disease virus outbreak in Jordan. Research in Veterinary Science 93:151-154. 
2. Absalon, A., E. Marioano Matias. Vasquez. A. Morales.Garzon A and Cortes-Espinosa .D.V. Ortega R.2012. Complete genome sequence of a velogenic Newcastle disease virus isolated in Mexico.Virus Genes 45:304-310.
3. Aldous, E.W and D.J. Alexander .2001. Detection and differentiation of Newcastle disease virus (avian paramyxovirus type 1). Avian Pathol Pathology 30:117-28.
4. Alexander, D.J., E.W. Aldous and C.M. Fuller .2012. The long view: a selective review of 40 years of Newcastle disease research. Avian Pathology. 41: 329-335.
5. Bloom,B.S  and Sharon .2013. The Foundations of Virology: Discoverers and Discoveries, Inventors and Inventions, Developers and Technologies. Emerging Infectious Diseases 19: 93-98.
6. Das. M.Baro and Kumar S .2019. Evaluation of imidazole and its derivative against Newcastle disease virus Infection in chicken: A drug repurposing approach. Virus Research 260:114-122.
7. De Leeuw, O and B. Peeters .1999. Complete nucleotide sequence of Newcastle disease virus: evidence for the existence of anew genus within the subfamily Paramyxovirinae. Journal of General Virology 80:131-136.
8. Diel, D.G., Susta L. Cardenas Garcia .S. Killian M.L. Brown C.C. Miller P.J and AfonsoC.L. 2012. Complete Genome and Clinicopathological Characterization of a Virulent Newcastle Disease Virus Isolate from South America. Journal of Clinical Microbiology 50:378-87.
9 Dortmans, J. C., B. Peeters and P. Koch.G. 2012 Newcastle disease virus outbreaks: vaccine mismatch or inadequate application. Veterinary Microbiology 160:17-20.
10.Ebrahimi, M.M., Shahsavandi. Shahla. Famil-Ghadakchi. H. Ghodsian and Abdoshah.M .2014. Clone Purification, Characterization and Standardization of LaSota Strain for Developing a Live Vaccine against Newcastle Disease Virus. Iranian Journal of Virology 8:12-19.
11. Esmaelizad, M., Mayahi .V. Pashaei. M and Goudarzi. H. 2017. Identification of novel Newcastle disease virus sub-genotype VII-(j) based on the fusion protein. Archives of Virology 162:971-978.
12. Kalyanasundram., J.Hamid. A.Yusoff and K.Chia. S. L. 2018. Newcastle disease virus strain AF2240 as an oncolytic virus: A review. Acta Trop 183:126-133.
13 Kavitha Murulitharan, Khadijah Yusoff., Abdul Rahman Omar and Aidin Molouki .2013. Characterization of Malaysian velogenic NDV strain AF2240-I genomic sequence: a comparative study.Virus Genes 46:431-440.
14 Molouki, A and B. Peeters .2017. Rescue of recombinant Newcastle disease virus: current cloning strategies and RNA polymerase provision systems. Archives of Virology 162:1-12
15 Peeters,B., P. de Leeuw OS. Koch. G and Gielkens A.L.1999. Rescue of Newcastle disease virus from cloned cDNA: evidence that cleavability of the fusion protein is a major determinant for virulence. Journal of Virology 73:5001-9.
16. Van, Borm., S. Rizotto LS. Ullmann L.S. Scagion G.P. Malossi C.D. Simão Cordeiro IM and Oliveira T.M .2016. Complete Genome Sequence of a Vaccinal Newcastle Disease Virus Strain Isolated from an Owl (Rhinoptynx clamator). Genome Announcements 4:1243-1249.
17.Wang.,Y.Yu. W. Huo N. Wang. W. Guo. Y. Wei. Q. Wang .X and Zhang. 2017.Comprehensive analysis of amino acid sequence diversity at the F protein cleavage site of Newcastle disease virus in fusogenic activity. plos one 12: 18-23.

18.Wen. G .,Shang. Y. Guo J. Chen C. Shao H. Luo Q. Yang .J. Wang. H and Cheng G. 2013. Complete genome sequence and molecular characterization of thermostable Newcastle disease virus strain TS09-C. Virus Genes 46:542-5.
19. Yadav. K., Pathak .D.C. Saikia DP. Debnath A. Ramakrishnan S and S. Chellappa MM. 2018.Generation and evaluation of a recombinant Newcastle disease virus strain R2B with an altered fusion protein cleavage site as a vaccine candidate. Microbial Pathogenesis 118:230-237.
20.Yurchenko, K.S., Yurchenko. Kseniya. S. Sobolev. Ivan A. Glushchenko. Alexandra and Shestopalov. Alexander. M. 2015. Complete Genome Sequence of Genotype Ib Newcastle Disease Virus Isolated from a Mallard(Anas platyrhynchos) in Russia. Genome announcements 3: 1414-15.
21. Zhang, L., SK. Natarajan and DF Becker.2012. 
Proline mechanisms of stress survival. Antioxid Redox Signal 19 (9):998-1011

 

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 420
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 253


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب