- همه نشریات
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- مجلات ترویجی کشاورزی
- نشریات انجمن ها
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
آمار
| تعداد نشریات | 277 |
| تعداد نشریات سازمان | 76 |
| تعداد شماره‌ها | 1,978 |
| تعداد مقالات | 22,711 |
| تعداد مشاهده مقاله | 12,167,111 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 9,843,149 |
شناسایی ژن‌های مسیر بیوسنتزی تری‌ترپن و سزکویی‌ترپن در میوه گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) با استفاده از فناوری توالی‌یابی نسل جدید (NGS) | ||
| تحقیقات گیاهان دارویی و معطر ایران | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 22 تیر 1399 | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ijmapr.2020.128273.2662 | ||
| نویسندگان | ||
معصومه درافشان1؛ مهدی سلطانی حویزه   2؛ وحید شریعتی3
| ||
| 1گروه آموزشی اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد اهواز، شهر اهواز، کشور ایران | ||
| 2ژنتیک و بهنژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد اهواز،اهواز،ایران | ||
| 3پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران | ||
| چکیده | ||
| شناسایی ژن‌های بیوسنتز کننده متابولیت‌های اختصاصی گیاهان دارویی امروزه با سرعت و دقت فراوان با استفاده از فناوری‌های جدید مطالعه ترنسکریپتوم مانند توالی‌یابی RNA صورت می‌گیرد. مطالعه‌ی حاضر به منظور شناسایی ژن‌های اختصاصی مسیر بیوسنتز تری‌ترپن‌ها و سزکویی‌ترپن‌های موجود در بافت میوه هندوانه ابوجهل انجام شد. با استخراج RNAاز بافت میوه‌های هندوانه ابوجهل برداشت شده از منطقه‌ی اندیمشک واقع در استان خوزستان در سال 1396، تکنیک توالی‌یابی RNA با استفاده از بن‌سازه Iluumina HiSeq 2500 اجرا شد. مراحل بیوانفورماتیکی شامل یکپارچه‌سازی نوپدید با استفاده از نرم‌افزار Evidential-gene و تفسیر کارکردی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی KAAS انجام گردید. از تعداد 21952885 توالی دارای کیفیت بالا، تعداد 55311 تک‌ژن یکپارچه تولید شد و این تک‌ژن‌ها به‌صورت موازی در پایگاه‌های اطلاعاتی مختلف بارگذاری شدند. در پایگاه KAAS تعداد 17359 تک‌ژن در 134 مسیر گیاهی آنوتیت (Annotate) شدند. از میان مسیرهای متابولیت‌های ثانویه مختلف و مهم در بافت میوه گیاه هندوانه ابوجهل، به مسیر ژنی "تری‌ترپن‌ها" و" سزکویی‌ترپن‌ها" تعداد 39 تک‌ژن و 8 ژن اورتولوگ اختصاص داشت. آنالیز ترنسکریپتوم این گیاه دارویی با هدف شناسایی ژن‌های مسیرهای بیوسنتزی متابولیت‌های ثانویه جنبه‌های پژوهشی و اجرایی مختلفی از جمله مهندسی مسیر بیوسنتز متابولیت‌های دارویی گیاهی را زمینه‌سازی می‌کنند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| کوکوربیتاسین؛ توالی یابی RNA؛ متابولیت های ثانویه؛ یکپارچه سازی نوپدید؛ ترپن ها | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Identification of triterpene and sesquiterpene biosynthetic pathway genes in Citrullus colocynthis medicinal plant fruit by Next Generation Sequencing (NGS) | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Masoumeh Dorafshan1؛ Mehdi Soltani Howyzeh2؛ Vahid Shariati3 | ||
| 1Genetic and Plant Breeding Department, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran | ||
| 2Genetic and Plant Breeding Department, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran | ||
| 3National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| The identification of genes that biosynthesizing the specific metabolites in the medicinal plants, today has been carried out with speed and great accuracy by new transcriptome techniques such as RNA sequencing. The present study was carried out to find the specific genes of the triterpenes and sesquiterpenes biosynthesis pathways in the fruit tissue of Citrullus colocynthis. After RNA extraction from the fruits of Citrullus colocynthis plant from Andimeshk in Khuzestan province in 2017, RNA sequencing technique was performed using the Illumina HiSeq2500 platform. The bioinformatics steps consisted of the de novo assembly using the Evidential-gene software and functional annotation using the KAAS database. From 21,952,885 high-quality reads, 55,311 unigenes were assembled, which were loaded parallel to different databases. In the KAAS database, a total of 17,359 unigenes in 134 plant pathways were interpreted. Among different secondary metabolites pathways of the fruit tissue of Citrullus colocynthis, triterpenes and sesquiterpenes pathways consisted of 39 unigenes and 8 orthologous genes from these pathways. Transcriptome analysis of medicinal plants to identifying genes of secondary metabolites biosynthetic pathways provides various research and practical aspects, including metabolite pathway engineering of herbal medicines. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Cucurbitacine, De novo assembly, RNA sequencing, Secondary metabolites, Terpenes | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 9 |
||
