| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,856 |
| تعداد مقالات | 32,385 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,499,244 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,697,746 |
بررسی همگنی ساختار ژنتیکی در جمعیت گوسفند نژاد زندی با استفاده از داده‌های ژنومی | ||
| علوم دامی | ||
| مقاله 6، دوره 31، شماره 121، اسفند 1397، صفحه 67-76 اصل مقاله (1.6 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2018.115547.1539 | ||
| نویسندگان | ||
| حمیدرضا کورش‌نیا1؛ حسین مرادی شهر بابک* 2؛ مصطفی صادقی3 | ||
| 1دانش آموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه مهندسی علوم دامی –دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی-پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران | ||
| 2استادیار بخش ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه مهندسی علوم دامی –دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی-پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران. | ||
| 3دانشیار بخش ژنتیک و اصلاح نژاد دام گروه مهندسی علوم دامی –دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی-پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران | ||
| چکیده | ||
| داده‌های ژنومی می‌تواند ما را به چگونگی شکل‌گیری نژادها و جمعیت‌ها و روند تأثیرگذاری رخدادهای ژنتیکی هرچند کمیاب در گذر زمان رهنمون سازد. از موارد بسیار ارزشمند جهت حفظ ذخایر ژنتیکی که خود موضوعی پر اهمیت تلقی می‌گردد و همچنین بهبود برنامه‌های اصلاح نژادی، پی‌بردن به ساختار ژنتیکی جوامع مورد مطالعه است. جهت مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند زندی واقع در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی تهران از روش آنالیز تفکیکی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) و همچنین از آنالیز مؤلفه‌های اصلی (PCA) استفاده شد .پس از۹۹ رأس گوسفند نژاد زندی خونگیری و تعیین ژنوتیپ با تراشه‌های اسنیپ K۵۰ شرکت ایلومینا صورت گرفت. روش تجزیه‌ی تفکیکی مؤلفه‌های اصلی، به وضوح ساختار ژنتیکی جمعیت مورد مطالعه و تفکیک حیوانات را در دو گروه نشان داد که می‌تواند ناشی از حساسیت روش DAPC باشد که قادر به بررسی همگنی واریانس در جوامع حیوانی است. در روش DAPC، برای ارزیابی تعداد بهینه‌ی خوشه با معیار BIC، ۲=k بهترین نتیجه را نشان داد. بررسی نتایج حاصل جهت حفظ تعداد مؤلفهی اصلی برای آنالیز تفکیکی، ۳۱ مؤلفهی اول را تعداد بهینه‌ی مؤلفه برای مراحل بعدی آنالیز در نظر گرفت. با توجه به اهمیت در نظر گرفتن واریانس درون گروهی و همچنین ساختار ژنتیکی جوامع جهت آنالیزهای مهم ژنومی مشخص شد که روش DAPC در مطالعه‌ی ساختار ژنتیکی گوسفند زندی به دلیل در نظر گرفتن تعداد مؤلفهی بیشتر و متعاقباً افزایش واریانس در نظر گرفته شده نسبت به روش PCA کاراتر می باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| گوسفند زندی؛ ساختار ژنتیکی جمعیت؛ PCA؛ DAPC؛ تراشه‌های اسنیپ | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Study of genetic structure homogeneity in Zandi breed sheep population using genomic data | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Hamidreza Kouroshnia1؛ Hossein Moradi Shahrebabak2؛ Mostafa Sadeghi3 | ||
| 1/Department of Animal Sciences, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran | ||
| 2assistant professor/Department of Animal Sciences, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran | ||
| 3associate professor/Department of Animal Sciences, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran | ||
| چکیده [English] | ||
| Genomic data can lead us to how of breeds and populations forming and process of genetic occurrences effecting even infrequent cases of them at time passage. A very worthy instance to genetic resources preservation that itself is counted an important subject, and improvement of animal breeding plans, is genetic structure discovery of studying populations. For investigation about genetic structure homogeneity in Zandi breed sheep population located in Tehran Zandi sheep breeding station, discriminant analysis of principal components (DAPC) and in inside of this analysis, principal components analysis (PCA) were performed. For this purpose, 99 heads of sheep were bled and genotyped using Illumina SNP chip 50K. Discriminant analysis of principal component obviously showed the genetic structure of studying population and its members separation to two groups that it may be arising from DAPC high sensitiveness that is able to investigate variance homogeneity in animal populations. In DAPC, to evaluate the clusters optimized number using BIC, k=2 was shown as best result. Investigation of results to maintain the number of principal components for discriminant analysis, takes into account that the first 31 components is the optimized number of component for analysis next steps. Re the importance of within group variance contemplating and also populations genetic structure for important genomic analyses, became clear that DAPC in study of Zandi population genetic structure, because that contemplates of more principal component number and subsequently increasing of contemplated variance, is more effective than PCA. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Zandi sheep, population genetic structure, PCA, DAPC, SNP chips | ||
| مراجع | ||
|
Barendse, W., Harrison, B. E., Bunch, R. J., Thomas, M.B. & Turner, L.B. (2009). Genome wide signatures of positive selection: the comparison of independent samples and the identification of regions associated to traits. BMC genomics, 10: 178. Epps, C. W., Castillo, J. A., Schmidt-Küntzel, A., du Preez, P., … & Stuart-Hill, G. (2013). Contrasting historical and recent gene flow among African buffalo herds in the Caprivi Strip of Namibia. Journal of Heredity, ess142. Grimberg, J., Nawoschik, S., Belluscio, L., McKee, R., … & Turck, A. (1989). A simple and efficient non-organic procedure for the isolation of genomic DNA from blood. Nucleic acids research, 17: 8390-8390. Jombart, T. & Collins, C. (2015). A tutorial for discriminant analysis of principal components (DAPC) using adegenet 2.0. 0. Jombart, T., Devillard, S. & Balloux, F. (2010). Discriminant analysis of principal components: a new method for the analysis of genetically structured populations. BMC genetics, 11: 94. Laloë, D., Jombart, T., Dufour, A. B. & Moazami-Goudarzi, K. (2007). Consensus genetic structuring and typological value of markers using multiple co-inertia analysis. Genetics Selection Evolution, 39: 1-23. Lao, O., Lu T. T., Nothnagel, M., Junge, O., … & Freitag-Wolf, S. (2008). Correlation between genetic and geographic structure in Europe. Current Biology, 18: 1241-1248. Laodim, T., Elzo, M. A., Koonawootrittriron, S., & Suwanasopee, T. (2017). Population structure in a Thai multibreed dairy cattle population. Journal of Animal Science, 95, 79. Lee, C., Abdool, A., Huang, C. H. (2009). PCA-based population structure inference with generic clustering algorithms. BMC bioinformatics, 10: S73. Liu, N. & Zhao, H. (2006). A non-parametric approach to population structure inference using multilocus genotypes. Human genomics, 2: 1. Marchini, J., Cardon, L. R., Phillips, M. S. & Donnelly, P. (2004). The effects of human population structure on large genetic association studies. Nature genetics, 36: 512-517. Mohammadabadi, M., Askari, N., Baghizadeh, A. & Esmailizadeh, A. (2009). A directed search around caprine candidate loci provided evidence for microsatellites linkage to growth and cashmere yield in Rayini goats. Small Ruminant Research, 81: 146-151. Olano-Marin, J., Plis, K., Sönnichsen, L., Borowik, T., Niedziałkowska, M., & Jędrzejewska, B. (2014). Weak population structure in European roe deer (Capreolus capreolus) and evidence of introgressive hybridization with Siberian roe deer (C. pygargus) in northeastern Poland. PloS one, 9(10), e109147. Patterson, N. J., Price, A. L. & Reich, D. (2006). Population structure and eigenanalysis. Pometti, C. L., Bessega, C. F., Saidman, B. O. & Vilardi, J. C. (2014). Analysis of genetic population structure in Acacia caven (Leguminosae, Mimosoideae), comparing one exploratory and two Bayesian-model-based methods. Genetics and molecular biology, 37: 64-72. Price, A. L., Patterson, N. J., Plenge, R. M., Weinblatt, M. E., … & Shadick, N. A. (2006). Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies. Nature genetics, 38: 904-909. Teo, Y. Y., Fry, A.E., Clark, T. G., Tai, E. & Seielstad, M. (2007). On the usage of HWE for identifying genotyping errors. Annals of Human genetics, 71: 701-703. Thomas. D. C. & Witte, J. S. (2002). Point: population stratification: a problem for case-control studies of candidate-gene associations? Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention, 11: 505-512. Vergara, M., Basto, M. P., Madeira, M. J., Gómez-Moliner, B. J., Santos-Reis, M., Fernandes, C., & Ruiz-González, A. (2015). Inferring population genetic structure in widely and continuously distributed carnivores: the stone marten (Martes foina) as a case study. PloS one, 10(7), e0134257. Wacholder, S., Rothman, N. & Caporaso, N. (2002). Counterpoint: bias from population stratification is not a major threat to the validity of conclusions from epidemiological studies of common polymorphisms and cancer. Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention 11: 513-520. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 591 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 425 |
||