| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,829 |
| تعداد مقالات | 32,098 |
| تعداد مشاهده مقاله | 40,864,102 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,113,722 |
شناسایی miRNAها و ژنهای هدف مرتبط با آنها در گیاه شبدر قرمز (Trifolium pratense) | ||
| تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران | ||
| مقاله 2، دوره 26، شماره 2 - شماره پیاپی 52، دی 1397، صفحه 156-164 اصل مقاله (249.92 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله علمی - پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ijrfpbgr.2018.117954 | ||
| نویسندگان | ||
| محمد رضا نقوی* 1؛ علی اکبر کریمی2 | ||
| 1نویسنده و مسئول مکاتبات، استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران mnaghavi@ut.ac.ir : پست الکترونیک | ||
| 2دانشجوی کارشناسی ارشد، بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| DOR: 98.1000/1735-0891.1397.2.155.52.26.1588.41 میکروآرناها (miRNA) یک رده از RNAهای تنظیمکننده کوچک درونی و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 18-22 نوکلئوتید بوده و تنظیم بیان ژن را در سطح رونویسی و پس از رونویسی ژن بر عهده دارند و طبق تحقیقات انجام شده نقشهای اساسی در فرایندهای نموی، زمان گلدهی و پاسخ به تنشهای زیستی و غیرزیستی ایفا میکنند. تاکنون روشهای متفاوتی برای شناسایی miRNAها، معرفی شده است که عبارتند از: روش نورترن بلات، ریزآرایه، qRT-PCR و روشهای بیوانفورماتیکی. در این میان ساده‌ترین و کمهزینهترین روش شناسایی miRNAها، روش بیوانفورماتیکی میباشد. در این مطالعه با یک رویکرد بیوانفورماتیکی با هدف شناسایی miRNA متمایز در گیاه شبدر قرمز مبتنی بر جستجوی همولوژی بین ESTهای گیاه شبدر قرمز و miRNAها انجام شد. بهطوریکه ابتدا در آن همه توالیهای ESTهای گیاه شبدر قرمز از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته شده BLASTn شدند که در نهایت یک miRNA کاندید متمایز در گیاه شبدر قرمزشناسایی شد. در مجموع شش ژن هدف پیشبینی شده برای این miRNA نیز شناسایی شد و این ژنهای هدف عمدتا کدکننده مونود هیدرو اسکوربات ردوکتاز1 ) برقراری تعادل گونههای فعال اکسیژن در چرخه اسکوربات-گلوتاتیون(، پروتئین FES1 )یک پروتئین حاوی دومین انگشت روی چسبنده به DNA)، پروتئین RHF2A )یوبی کوئیتین لیگاز E3 دخیل در پیشبرد گامتوژنز(، RNA هلیکاز وابسته به ATP )تعمیر و متابولیسم RNA)، پروتئینهای انتقالی MFS )تسهیلکننده حرکت املاح کوچک از عرض غشای سلولی در پاسخ به گرادیانت شیمواسمزی( و در نهایت پروتئین AT-hook )یک موتیف متصل شونده به (DNA نیز بودند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| جستجوی همسانی؛ EST؛ بیوانفورماتیک؛ ژنهای هدف؛ miRNA | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Identification of miRNAs and their target genes in red clover (Trifolium pretense) | ||
| نویسندگان [English] | ||
| M. R. Naghavi1؛ A. A. Karimi2 | ||
| 1Corresponding author, Prof., College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, I.R.Iran Email: mnaghavi@ut.ac.ir | ||
| 2M.Sc. student, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, I.R.Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| DOR: 98.1000/1735-0891.1397.2.155.52.26.1588.41 MicroRNAs (miRNAs) are a group of 18_22 nucleotides long noncoding small endogenous that derived from its precursor sequence and evolutionary conserved post-transcriptional regulatory RNAs, which show an enormous role in various biological and metabolic processes in both animals and plants. MiRNA detection methods including microarray, qRT-PCR , northern blot and bioinformatics methods in which the easiest and cheapest way to identify miRNA is bioinformatics method. A bioinformatics approach was used to identify potential miRNA in red clover. EST-based homology search was applied to find potential miRNA of red clover. We blasted publicly available EST sequences obtained from NCBI GenBank against previously known plant miRNAs. A total of six miRNA target genes based on their complementary sequences were also detected. Target genes encoding mono dehydro ascorbate reductase 1 play an important role in maintaining balance in the cycle of reactive oxygen species ascorbate-glutathione, FES1 proteins that contain zinc finger domain binding DNA, RHF2A gene encoding E3 ubiquitin-protein ligase involved in the positive regulation of the gametogenesis progression, RNA helicase ATP-dependent is involved in the RNA repair and metabolism, Major facilitator superfamily (MFS) is a superfamily of membrane transport proteins that facilitate movement of small solutes across cell membranes in response to chemiosmotic gradients, AT-hook DNA binding motif protein. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Bioinformatics, EST, homology search, miRNA, target genes | ||
| مراجع | ||
|
- Altschul, S.F., Madden, T.L., Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. and Lipman, D.J., 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Research, 25: 3389–3402. - Anonymous1: http://www.ncbi.nlm.nih.gov. - Anonymous2: http://frontend.bioinfo.rpi.edu - Anonymous3:http://planTgrn.noble.org/psRNATarge. - Bodinet, C. and Freudenstein, J., 2004. "Influence of marketed herbal menopause preparations on MCF-7 cell proliferation". Menopause, 11 (3): 281–289. - Bonnet, E., Wuyts, J., Rouze, P. and Peer, Y.V., 2004. Evidence that microRNA precursors, unlike other non-coding RNAs, have lower folding free energies than random sequences. Bioinformatics, 20: 2911–2917. - Dai, X. and Zhao, P.X., 2011. PsRNA Target: a plant small RNA target analysis server. NucleicAcids Research, 39: W155–W159. - Li, C. and Zhang, B., 2016. MicroRNAs in control of plant development. Journal of cellular physiology, 231(2): 303-313. - Lin, S. L., Chang, D. and Ying, S.Y., 2005. Asymmetry of intronic pre-miRNA structures in functional RISC assembly. Gene, 356: 32-38. - Liu, J., Zhang, Y., Qin, G., Tsuge, T., Sakaguchi, N., Luo, G. and Aoyama, T., 2008. Targeted degradation of the cyclin-dependent kinase inhibitor ICK4/KRP6 by RING-type E3 ligases is essential for mitotic cell cycle progression during Arabidopsis gametogenesis. The Plant Cell, 20(6): 1538-1554. - Marger, M.D. and Saier, M.H., 1993. A major superfamily of transmembrane facilitators that catalyse uniport, symport and antiport. Trends in biochemical sciences, 18(1): 13-20. - Park, W., Li, J.J., Song, R.T., Messing, J. and Chen, X.M., 2002. CARPEL FACTORY, a Dicer homolog, and HEN1, a novel protein, act in microRNA metabolism in Arabidopsis thaliana. Curr. Biol., 12:1484–1495 - Singh, M., D'silva, L. and Holak, T.A., 2006. DNA-binding properties of the recombinant high-mobility-group-like AT-hook-containing region from human BRG1 protein. Biological chemistry, 387(10/11):1469-1478. - Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M. and Kumar, S., 2011. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionar y distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28: 2731–2739. - Tanner, N. K. and Linder, P., 2001. DExD/H box RNA helicases: from generic motors to specific dissociation functions. Molecular cell, 8(2):251-262. - Unver, T. and Budak, H., 2009. Conserved microRNAs and their targets in model grass species Brachypodium distachyon. Planta, 230(4), 659-669. - Wells, W.W. and Xu, D.P., 1994. Dehydroascorbate reduction. Journal of Bioenergetics and Biomembranes, 26(4): 369-377. - Wiemer, E.A., 2007. The role of microRNAs in cancer: no small matter. European Journal of Cancer, 43(10): 1529-1544. - Yin, Z., Li, C, Han, X. and Shen, F., 2008. Identification of conserved microRNAs and their target genes in tomato (Lycopersicon esculentum). Gene 414:60–66 - Zhang, B. and Pan, X. and Stellwag, E., 2008. Identification of soybean microRNAs and their targets. Planta, 229:161–182 - Zhang, B., Wang, Q., Wang, K., Pan, X., Liu, F., Guo, T. and Anderson, T.A. 2007. Identification of cotton microRNAs and their targets. Gene, 397(1), 26-37. - Zhang, B.H., Pan, X.P., Cox, S.B., Cobb, G.P. and Anderson, T.A., 2006a. Evidence that miRNAs are different from other RNAs. Cell. Mol. Life Sci. 63, 246. - Zhang, B.H., Pan, X.P., Cox, S.B., Cobb, G.P. and Anderson, T.A., 2006b. Conservation and divergence of plant microRNA genes. Plant Journal, 46, 243–259. - Zhang, W., Luo, Y., Gong, X., Zeng, W. and Li, S., 2009. Computational identification of 48 potato microRNAs and their targets. Comput Biol. Chem., 33:84–93 - Zhang, Y., 2005. miRU: an automated plant miRNA target prediction server. Nucleic Acids Research, 33(Web Server issue):W701–4 - Zuker, M., 2003. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic Acids Research,31:3406–3415 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 661 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 588 |
||