| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,386,738 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,076 |
Sequencing and In Silico Multi-aspect Analysis of S1 Glycoprotein in 793/B Serotype of Infectious Bronchitis Virus Isolated From Iran in 2003 and 2011 | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 3، دوره 73، شماره 3، آذر 2018، صفحه 183-198 اصل مقاله (5.72 M) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2018.120305.1192 | ||
| نویسندگان | ||
| M. Vasfi Marandi1؛ M. Malekan* 1؛ M. M. Ranjbar2؛ N. Dadashpour Davachi3؛ S. Alamian4 | ||
| 1Department of Poultry Diseases, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran | ||
| 2Department of Animal Virology, Research and Diagnosis, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran | ||
| 3Department of Research, Breeding and Production of Laboratory Animals, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran | ||
| 4Department of Brucellosis, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| Infectious bronchitis (IB) is an acute, highly contagious, and economically important viral disease of chickens. The S1 subunit from Spike (S) protein plays the major role in protective immunity and is involved in the host-virus interactions, as well as infectious bronchitis virus (IBV) serotyping. Aim of the present study was multi-aspect analysis of the molecular and immunological features of 5' part belonging to the S1 glycoprotein sequence of Iranian 793/B IBV strain isolates. This might ideally help in characterization, prevention, and vaccine development. The tissue samples were prepared, followed by virus isolation, reverse transcription polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism analysis. In addition, sequencing and registration of the sequences in the National Center for Biotechnology Information were performed. Moreover, 12 sequences were retrieved from Fars province, Iran. The next steps included evaluation of conservation/variability along the sequences, phylogenetic analysis, estimation of the average evolutionary divergence over all the sequence pairs, predicting the phosphorylation/N-glycosylation/palmitoylation sites, and the final analysis of antigenicity. The findings of alignment, entropy plot, and pairwise similarity analysis revealed 17 hypervariable regions. The isolates belonging to Tehran were clustered in phylogenetic tree, and the most similar isolates to them were ADW11182 and ADW11183. Location of some of the N-glycosylation/phosphorylation/palmitoylation points indicated that these sites were conserved among the isolates. Furthermore, the frequency of epitopes and their scores reflect the high immunogenicity of S1 protein in 793/B serotype. Analysis of the primary and secondary structures demonstrated that their parameters had variable values and were different regarding the number and location of α-helix, β-strand, and coils. According to our findings, the Iranian isolates of 793/B serotype change their molecular characteristics during time and in different geographical regions. These alterations might account for failure in prevention programs and differences in virulence and pathogenicity. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| 793/B serotype؛ Bioinformatics؛ Infectious bronchitis virus؛ Molecular features؛ S1 glycoprotein | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| توالی یابی و آنالیز چندجانبه گلایکوپروتئین S1 مربوط به سروتایپ /B793 ویروس برونشیت عفونی جدا شده در سال های 1379 و 1390 از ایران | ||
| نویسندگان [English] | ||
| مهدی وصفی مرندی1؛ محمد ملکان1؛ محمد مهدی رنجبر2؛ نوید داداش پور دواچی3؛ سعید عالمیان4 | ||
| 1گروه بیماریهای طیور ، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران | ||
| 2بخش تحقیق و تشخیص بیماریهای ویروسی دام، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 3بخش تحقیق، تولید و پرورش حیوانات آزمایشگاهی، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 4بخش بروسلوز، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| برونشیت عفونی (IB) یک بیماری ویروسی حاد، بسیار مسری و با اهمیت اقتصادی طیور می باشد. زیر واحدS1 (از پروتئین گرزی (S)) نقش حیاتی در ایمنی محافظتی داشته و در برهم کنش های ویروس-میزبان و نیز در سروتایپینگ ویروس برونشیت عفونی (IBV) موثر است. هدف از مطالعه حاضر آنالیز چندجانبه ویژگی‌های مولکولی و خصوصیات بخش 5' از توالی گلیکوپروتئین S1 جدایه‌های سویه‌های ایرانی 793/B IBV بود. پس از تهیه‌‌ی نمونه‌های بافتی و جداسازی ویروس، RT-PCR و سپس آنالیز RFLP انجام شد. بعلاوه این مراحل با توالی‌یابی و ثبت توالی ها در NCBI ادامه یافت. همچنین 12 توالی از استان فارس بازیابی گردید. مراحل بعدی ارزیابی محافظت شدگی/تغییرپذیری در طول توالی‌ها، ارزیابی فیلوژنتیک، و تخمین میانگین واگرایی تکاملی تمام جفت توالی‌ها، پیشگویی نواحی فسفریلاسیون/N-گلیکوز یلاسیون/پالمیتولاسیون و نهایتاً آنالیز آنتی‌ژنیسیتی بودند. هم‌ردیفی، پلات آنتروپی و آنالیز شباهت جفتی، 17 منطقه با تغییرپذیری بالا را نشان داد. جدایه‌های تهران در درخت فیلوژنتیک تشکیل خوشه داده و شبیه ترین جدایه‌ها به جدایه‌های تهران، ADW11182 و ADW11183 بودند. ناحیه‌ی قرارگیری برخی از نقاط فسفریلاسیون/N-گلیکوز یلاسیون/پالمیتولاسیون حاکی از حفاظت شدگی آن‌ها در میان جدایه‌ها بود. همچنین فراوانی اپی‌توپ‌ها و امتیازهای آن ها نشان دهنده ایمونوژنیسیتی بالای پروتئین S1 در سروتایپ 793/B بود. آنالیز ساختار اولیه و ثانویه نشان داد که پارامترهای آن ها ارزش‌های متغیری داشته و در تعداد و محل α-helix، β-strand و coil ها تفاوت دارند. یافته‌های ما پیشنهاد می‌کند که جدایه‌های ایرانی سروتیپ 793/B خصوصیات مولکولی خودشان را در طول زمان و در مناطق جغرافیایی مختلف تغییر داده، سبب شکست برنامه‌های پیشگیری و تفاوت‌ها در حدت و پاتوژنسیتی می‌شود. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| توالی یابی و آنالیز چندجانبه گلایکوپروتئین S1 مربوط به سروتایپ B/793 ویروس برونشیت عفونی جدا شده در سال های 1379 و 1390 از ایران | ||
| مراجع | ||
|
Abdel-Moneim, A.S., El-Kady, M.F., Ladman, B.S., Gelb, J., 2006. S1 gene sequence analysis of a nephropathogenic strain of avian infectious bronchitis virus in Egypt. Virol J 3, 78.
Abro, S.H., Ullman, K., Belak, S., Baule, C., 2012. Bioinformatics and evolutionary insight on the spike glycoprotein gene of QX-like and Massachusetts strains of infectious bronchitis virus. Virol J 9, 211.
Adzhar, A., Gough, R.E., Haydon, D., Shaw, K., Britton, P., Cavanagh, D., 1997. Molecular analysis of the 793/B serotype of infectious bronchitis virus in Great Britain. Avian Pathol 26, 625-640.
Bochkov, Y.A., Batchenko, G.V., Shcherbakova, L.O., Borisov, A.V., Drygin, V.V., 2006. Molecular epizootiology of avian infectious bronchitis in Russia. Avian Pathol 35, 379-393.
Boroomand, Z., Razeghian, I., Asasi, K., 2011. Isolation and identification of a new isolate of avian infectious bronchitis virus IRFIBV32 and a study of its pathogenicity. Online J Vet Res 15, 366–380.
Dadmanesh M., Mohammad Mehdi Ranjbar, Seyed Moayed Alavian, Khodayar Ghorban. Sequencing and phylogenetic study of partial NS3 gene of Iranian GB virus C/Hepatitis G Virus (HGV) originated from hemodialysis patients in Tehran. Hepatitis Monthly .2015. Hepat Mon. 2015 Mar; 15(3): e24173.
Cavanagh, D., Davis, P.J., Cook, J.K., 1992. Infectious bronchitis virus: evidence for recombination within the Massachusetts serotype. Avian Pathol 21, 401-408.
Cook, J.K., Chesher, J., Baxendale, W., Greenwood, N., Huggins, M.B., Orbell, S.J., 2001. Protection of chickens against renal damage caused by a nephropathogenic infectious bronchitis virus. Avian Pathol 30, 423-426.
Dolz, R., Pujols, J., Ordonez, G., Porta, R., Majo, N., 2008. Molecular epidemiology and evolution of avian infectious bronchitis virus in Spain over a fourteen-year period. Virology 374, 50-59.
Draper, J.M., Xia, Z., Smith, C.D., 2007. Cellular palmitoylation and trafficking of lipidated peptides. J Lipid Res 48, 1873-1884.
Ingrell, C.R., Miller, M.L., Jensen, O.N., Blom, N., 2007. NetPhosYeast: prediction of protein phosphorylation sites in yeast. Bioinformatics 23, 895-897.
Ivanov, K.I., Puustinen, P., Merits, A., Saarma, M., Makinen, K., 2001. Phosphorylation down-regulates the RNA binding function of the coat protein of potato virus A. J Biol Chem 276, 13530-13540.
Kant, A., Koch, G., van Roozelaar, D.J., Kusters, J.G., Poelwijk, F.A., van der Zeijst, B.A., 1992. Location of antigenic sites defined by neutralizing monoclonal antibodies on the S1 avian infectious bronchitis virus glycopolypeptide. J Gen Virol 73 ( Pt 3), 591-596.
Keyvani, H., Ahmadi, N.A., Ranjbar M. M., Ataei Kachooei, S., Ghorban, Kh., Dadmanesh, M., 2016. Immunoinformatics Study of gp120 of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Subtype CRF35_AD Isolated from Iranian Patients. Arch of Clin In Dis. 11, 4.
Kusters, J.G., Niesters, H.G.M., Lenstra, J.A., Horzinek, M.C., van der Zeijst, B.A.M., 1989. Phylogeny of antigenic variants of avian coronavirus IBV. Virology 169, 217-221.
Ladman, B.S., Loupos, A.B., Gelb, J., Jr., 2006. Infectious bronchitis virus S1 gene sequence comparison is a better predictor of challenge of immunity in chickens than serotyping by virus neutralization. Avian Pathol 35, 127-133.
Linder, M.E., Deschenes, R.J., 2007. Palmitoylation: policing protein stability and traffic. Nat Rev Mol Cell Biol 8, 74-84.
Meir, R., Rosenblut, E., Perl, S., Kass, N., Ayali, G., Perk, S., et al., 2004. Identification of a novel nephropathogenic infectious bronchitis virus in Israel. Avian Dis 48, 635-641.
Melkonian, K.A., Ostermeyer, A.G., Chen, J.Z., Roth, M.G., Brown, D.A., 1999. Role of lipid modifications in targeting proteins to detergent-resistant membrane rafts. Many raft proteins are acylated, while few are prenylated. J Biol Chem 274, 3910-3917.
Poorbaghi, S., Mohammadi, A., Asasi, K., 2011. Molecular detection of avian infectious bronchitis virus serotypes from clinically suspected broiler chicken flocks in Fars province of Iran. Pak Vet J 32, 93-96.
Ranjbar, M.M., Ghorban, K., Alavian, S.M., Keyvani, H., Dadmanesh, M., Roayaei Ardakany, A., Motedayen, M.H., Sazmand, A., 2014. GB virus C/Hepatitis G virus envelope glycoprotein E2: computational Molecular features and Immunoinformatic study. Hepatitis Month. 13(12):e15342. DOI:10.5812/hepatmon.15342.
Ranjbar, M.M., Ahmadi, N.A., Ghorban, K., Ghalyanchi Langeroudi, A., Dadmanesh, M., Amini, H., et al., 2015. Immnoinformatics: novel view in understanding of immune system function, databases and prediction of immunogenic epitopes. koomesh. 17 (1):18-26.
Saif, Y.M., Fadly, A.M., Glisson, J.R., McDougald, L.R., Nolan, L.K., Swayne, D.E., 2011. Diseases of Poultry, Wiley.
Seyfi Abad Shapouri, M.R., Mayahi, M., Assasi, K., Charkhkar, S., 2004. A survey of the prevalence of infectious bronchitis virus type 4/91 in Iran. Acta Vet Hung 52, 163-166.
Shen, C., Guo, Y., Cheng, A., Wang, M., Zhou, Y., Lin, D., et al., 2009. Characterization of subcellular localization of duck enteritis virus UL51 protein. Virol J 6, 92.
Shimazaki, Y., Horiuchi, T., Harada, M., Tanimura, C., Seki, Y., Kuroda, Y., et al., 2008. Isolation of 4/91 type of infectious bronchitis virus as a new variant in Japan and efficacy of vaccination against 4/91 type field isolate. Avian Dis 52, 618-622.
Vasfi Marandi, M., Keyvani Amineh, H., Akbari Azad, G., 2007. Molecular analysis of three Iranian isolates belonged to 793/B serotype of infectious bronchitis viruses. J Vet Res 62, 69-80.
Veit, M., Schmidt, M.F., 2006. Palmitoylation of influenza virus proteins. Berl Munch Tierarztl Wochenschr 119, 112-122.
Vigerust, D.J., Shepherd, V.L., 2007. Virus glycosylation: role in virulence and immune interactions. Trends Microbiol 15, 211-218.
Wan, J., Roth, A.F., Bailey, A.O., Davis, N.G., 2007. Palmitoylated proteins: purification and identification. Nat Protoc 2, 1573-1584.
Wang, L., Junker, D., Collisson, E.W., 1993. Evidence of Natural Recombination within the S1 Gens of Infectious Bronchitis Virus. Virology 192, 710-716.
Wei, Z.J., Wei, P., Mo, M.L., Li, M., Wei, T.C., Li, K.R., 2008. [Genetic variation of S1 gene hypervariable region I of infectious bronchitis viruses isolated in different periods in Guangxi]. Bing Du Xue Bao 24, 126-132.
Yan, Q., 2008. Bioinformatics databases and tools in virology research: an overview. In Silico Biol 8, 71-85.
Zhang, J., Pekosz, A., Lamb, R.A., 2000. Influenza virus assembly and lipid raft microdomains: a role for the cytoplasmic tails of the spike glycoproteins. J Virol 74, 4634-4644. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,816 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 967 |
||