| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,386,786 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,099 |
ردیابی و بررسی روابط تبارزایی جدایه‌های ایرانی ویروس موزائیک انجیر بر اساس ژن کد کننده نوکلئوکپسید پروتئین | ||
| آفات و بیماری‌های گیاهی | ||
| مقاله 6، دوره 86، شماره 1 - شماره پیاپی 106، شهریور 1397، صفحه 61-74 اصل مقاله (683.87 K) | ||
| نوع مقاله: بیماری‌شناسی گیاهی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/jaep.2018.116606.1199 | ||
| نویسندگان | ||
| مرتضی شاه میرزایی1؛ فرشاد رخشنده رو2؛ محمد رضا صفرنژاد* 3؛ حمیدرضا زمانی زاده4؛ توفیک البیانو5 | ||
| 1دانشجوی دکتری، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 2استادیار، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 3دانشیار، بخش تحقیقات ویروس‌های گیاهی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران | ||
| 4استاد، گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 5پژوهشگر، مرکز بین المللی مطالعات پیشرفته زراعی حوزه مدیترانه، باری، ایتالیا | ||
| چکیده | ||
| ویروس موزائیک انجیر Fig mosaic emaravirus (FMV)یکی از مهم‌ترین عوامل ایجاد کننده بیماری موزائیک انجیر می باشد. این تحقیق به منظور شناسایی و ردیابی FMV در مناطق مختلف کشور و همچنین مطالعه روابط تبارزایی بر مبنای ژن کد کننده پروتئین نوکلئوکپسید (NP) صورت پذیرفت. برای این منظور تعداد 54 نمونه برگ انجیر دارای علایم موزائیکی و کلروز از مناطق مختلف کشت انجیر در شمال، مرکز و جنوب ایران جمع آوری گردید. ردیابی اولیه از طریق آزمون الیزا با استفاده از آنتی بادی اختصاصی ویروس FMV انجام گرفت. آزمون RT-PCR به منظور تائید نتایج ردیابی اولیه با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن (NP) صورت پذیرفت. همسانه سازی، تعیین توالی نوکلئوتیدی و رسم درخت تبارزایی 14 جدایه منتخب از مناطق جغرافیایی مختلف انجام گرفت. نتایج ردیابی سرولوژیکی و آزمون مولکولی حاکی از میزان 5/55٪ آلودگی در نمونه های مورد بررسی بود. نتایج مطالعات تبار زایی نشان داد که تمامی جدایه های مربوط به مناطق شمال و مرکز کشور به همراه جدایه های گزارش شده از سایر کشورها در گروه I قرار می گیرند در حالی که جدایه های استان فارس (استهبان و جهرم) در یک گروه تبارزایی جدا، گروه II، دسته بندی شدند. نتایج حاصله حاکی از وجود ارتباط معنی داری بین شدت علایم و گروه بندی تبارزایی می باشد. جدایه جهرم، JA2، از گروه II با داشتن بیشترین میزان تفاوت با سایر جدایه های کشور و دنیا، بنظر می رسد که دارای خصوصیات بیماری زایی و بیولوژیکی منحصر بفردی باشد که تعیین این خصوصیات در مطالعات تکمیلی ضروری می باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تبارزایی؛ نوکلئو کپسید پروتئین؛ ویروس موزائیک انجیر؛ DAS-ELISA؛ RT-PCR | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Detection and phylogenetic analysis of Iranian Fig mosaic emaravirus isolates on the basis of the gene encoding Nucleocapsid protein (NP) | ||
| نویسندگان [English] | ||
| M. SHAHMIRZAEI1؛ F. RAKHSHANDEHROO2؛ M. R. SAFARNEJAD3؛ H. R. ZAMANIZADEH4؛ TOUFIC ELBEAINO5 | ||
| 1PhD. Student, Department of Plant Pathology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran | ||
| 2Assistant Professor; Department of Plant Pathology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran | ||
| 3Associate Professor, Department of Plant viruses, Iranian Research Institute of Plant Protection, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tehran, Iran | ||
| 4Professor, Respectively; Department of Plant Pathology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran | ||
| 5Research Scientist Istituto Agronomico Mediterranero di Bari,Via Ceglie 9, 70010 Valenzano (BA), Italy | ||
| چکیده [English] | ||
| Fig mosaic emaravirus (FMV)is considered as one of the main causal agents of Fig Mosaic Disease complex (FMD). In order to detection and identification of FMV in different regions of Iran and better understanding of the phylogenetic relationships between isolates, a number of 54 symptomatic fig leaves with chlorosis and mosaic symptoms were collected from different fig-growing areas in the center, north and south of Iran. Primary detection for all collected samples performed by DAS-ELISA using polyclonal AP-conjugated antibody which was raised against nucleocapsid protein of FMV positive samples in DAS-ELISA were checked by RT-PCR using NP gene specific primers. The amplified fragments of 14 isolates were cloned and sequenced. DAS-ELISA results indicated to a 55.5%FMV infection of collected isolates. Phylogenetic analysis on the basis of nucleotide sequences categorized the isolates in two main groups in which isolates from the center and northern regions of Iran placed in a separate subgroup beside other isolates from other countries which their complete coding sequences were available in GenBank of NCBI whereas the isolates from south of Fars province (Estahban and Jahrum districts) clustered in a separate phylogenetic group distinct from other Iranian and the world isolates which may show that genetic makeup of FMV may be affected by geographical isolation. A significant correlation between symptoms severity and phylogenetic groups observed that may put forward the probability of having a new viral strains in Fars province. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| DAS-ELISA, Fig mosaic emaravirus (FMV), Nucleocapsid protein, Phylogenetic analysis, RT-PCR | ||
| مراجع | ||
|
ALE‐AGHA, G. N. and F. RAKHSHANDEHROO, 2014. Detection and Molecular Variability of Fig Fleck‐Associated Virus and Fig Cryptic Virus in Iran. Journal of Phytopathology, 162 (7–8), pp. 417–425.
ALIMORADIAN, P., F. RAKHSHANDEHROO and M. SHAMS-BAKHSH, 2014. First record of Fig Badnavirus-1 in fig trees in Iran. Journal of Plant Pathology, 96 (4SUP), pp. 4–124.
ALISHIRI, A. F. RAKHSHANDEHROO, G. H. SALEHI JOUZANI and M. SHAMS-BAKHSH, 2016. Detection and Molecular Characterization of Fig badnavirus-1 Iranian isolates on the Basis of the Protease Gene. Applied Entomology and Phytopathology, 84(1), pp.119–130.
ALISHIRI, A., F. RAKHSHANDEHROO, H. R. ZAMANIZADEH and P. PALUKAITIS, 2013. Prevalence of tobacco mosaic virus in Iran and evolutionary analyses of the coat protein gene. The Plant Pathology Journal, 29(3), pp. 260-273
ANONYMOUS, 2014. Preliminary 2014 Production Data. Statistical Data. FAOSTAT. Available at: http://www.fao.org/faostat.
ANONYMOUS, 2015. Statistical annual report of Iranian agricultural crops.
BLODGETT, E. C. and B. GOMEC, 1967. Fig mosaic. Plant Disease Reports, 51, pp.893–896.
CAGLAYAN, K., C. U. SERCE, E. BARUTCU, K. KAYA, V. MEDINA, M. GAZEL, S. SOYLU and O. CALISKAN, 2010. Comparison by Sequence-Based and Electron Microscopic Analyses of Fig mosaic virus Isolates Obtained from Field and Experimentally Inoculated Fig Plants. Plant Disease, 94(12), pp.1448–1452.
CALLAGHAN, B. and R. G., DIETZGEN, 2005. Nucleocapsid gene variability reveals two subgroups of Lettuce necrotic yellows virus. Archives of Virology, 150(8), pp. 1661–1667. Available at: https://doi.org/ 10.1007/s00705-005-0528-7.
CLARK, M. F. and A. N. ADAMS, 1977. Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. Journal of general virology, 34(3), pp. 475–483.
CONDIT, I. J. and W. T. HORNE, 1933. A mosaic of the fig in California. Phytopathology, 23(11), pp. 887–896.
DANESH-AMUZ, S., RAKHSHANDEHROO, F. and S. REZAEE, 2014. Prevalence and genetic diversity of fig mosaic virus isolates infecting fig tree in Iran. Acta Virologica, 58(3), pp. 245–252.
DESBIEZ, C., C. WIPF-SCHEIBEL, F. GRANIER, C. ROBAGLIA, T. DELAUNAY and H. LECOQ, 1996. Biological and molecular variability of zucchini yellow mosaic virus on the Island of Martinique. Plant disease, 80(2), pp. 203–207.
ELBEAINO, T., M. DIGIARO, A. DE STRADIS and G. P. MARTELLI, 2007. Identification of a second member of the family Closteroviridae in mosaic-diseased figs. Journal of Plant Pathology, pp.119–124.
ELBEAINO, T., M. DIGIARO and G. P. MARTELLI, 2011b. Complete sequence of Fig fleck-associated virus, a novel member of the family Tymoviridae. Virus Research, 161(2), pp. 198–202.
ELBEAINO, T., M. DIGIARO, A. ALABDULLAH, A. DE STRADIS, A. MINAFRA, N. MIELKE, M. CASTELLANO and G. P. MARTELLI, 2009. A multipartite single-stranded negative-sense RNA virus is the putative agent of fig mosaic disease. Journal of General Virology, 90, pp.1281-1288.
ELBEAINO, T., M. DIGIARO and G. P. MARTELLI, 2009. Complete nucleotide sequence of four RNA segments of fig mosaic virus. Archives of virology, 154(11), p.1719.
ELBEAINO, T., M. DIGIARO and G. P. MARTELLI, 2012. RNA-5 and -6, two additional negative-sense RNA segments associated with fig mosaic virus. Journal of Plant Pathology, 94(2), pp. 421–425.
ELBEAINO, T., R. A. KUBAA, M. DIGIARO, A. MINAFRA and G. P. MARTELLI, 2011a. The complete nucleotide sequence and genome organization of Fig cryptic virus, a novel bipartite dsRNA virus infecting fig, widely distributed in the Mediterranean basin. Virus Genes, 42(3), pp. 415–421.
ELÇI, E., Ç. U. SERÇE and K. ÇAĞLAYAN, 2013. Phylogenetic analysis of partial sequences from Fig mosaic virus isolates in Turkey. Phytoparasitica, 41(3), pp. 263–270.
FLOCK, R. A. and J. M. WALLACE, 1955. Transmission of fig mosaic by the eriophyid mite Aceria ficus. Phytopathology, 45(1), pp.52–54.
GARCÍA-ARENAL, F., A. FRAILE and J. M. MALPICA, 2001. Variability and genetic structure of plant virus populations. Annual review of phytopathology, 39(1), pp. 157–186.
GATTONI, G., A. MINAFRA, M. A. CASTELLANO, A. DE STRADIS, D. BOSCIA, T. ELBEAINO, M. DIGIARO and G. P. MARTELLI, 2009. Some properties of Fig latent virus 1, a new member of the family Flexiviridae. Journal of Plant Pathology, pp. 555–564.
GHORBANI, A., K. IZADPANAH, R. A. AFSHARIFA and F. MEHDINIA, 2016. Phylogenetic study of Fig mosaic virus Lorestan isolate and detection of Closteroviruses associated. In Proceedings of 22nd Iranian Plant Protection Congress. p. 26.
KARGAR, M. M. ZAKIAGHL, M. MASOUMI, M. MEHRVAR and K. IZADPANAH, 2016. Analysis of genetic diversity of Grapevine fanleaf virus isolate from Fars and Kohgiluyeh-Boyer Ahmad provinces. Iranian Journal of Plant Pathology, 52(3).
KHOSHKHATTI, N., M. ABADKHAH and D. E. O. KOOLIVAND, 2016. Occurrence of Fig mosaic virus in fig orchards from Tarom region in Zanjan province. In Proceedings of 22nd Iranian Plant Protection Congress. p. 28.
LANEY, A. G., M. HASSAN and I. E. TZANETAKIS, 2012. An integrated badnavirus is prevalent in fig germplasm. Phytopathology, 102(12), pp.1182–1189.
MIELKE-EHRET, N. and H. P. MÜHLBACH, 2012. Emaravirus: a novel genus of multipartite, negative strand RNA plant viruses. Viruses, 4(9), pp.1515–1536.
NOLASCO, G. and O. A. DE SEQUEIRA, 1991. Double-stranded RNA (dsRNA) associated with fig mosaic disease. In Proceedings of the 4th Portuguese-Spanish Biochemistry Congress, Lisbon, 1991.
NOROZIAN, E., F. RAKHSHANDEHROO and M. SHAMS-BAKHSH, 2014. Presence of fig leaf mottle-associated virus 3 in an Iranian fig Orchard. Journal of Plant Pathology, 96(4SUP), pp.4–131.
ÖVERBY, A. K., R. F. PETTERSSON, and E. P. A. NEVE, 2007. The glycoprotein cytoplasmic tail of Uukuniemi virus (Bunyaviridae) interacts with ribonucleoproteins and is critical for genome packaging. Journal of virology, 81(7), pp.3198–3205.
SCHNEIDER, W. L. and M. J. ROOSSINCK, 2001. Genetic diversity in RNA virus quasispecies is controlled by host-virus interactions. Journal of virology, 75(14), pp. 6566–6571.
SHAHMIRZAIE, M. M., F. RAKHSHANDEHROO, H. R. ZAMANIZADEH and T. ELBEAINO, 2012. Current status of fig mosaic disease in Iran. Journal of Phytopathology, 160(7‐8), pp.324–330.
SHAHMIRZAIE, M., F. RAKHSHANDEHROO, H. R. ZAMANIZADEH, T. ELBEAINO and G. P. MARTELLI, 2010. First report of Fig mosaic virus from fig trees in Iran. Journal of Plant Pathology, 92(4), pp.S120–S120.
SHI, X., A. KOHL, P. LI and R. M. ELLIOTT, 2007. Role of the cytoplasmic tail domains of Bunyamwera orthobunyavirus glycoproteins Gn and Gc in virus assembly and morphogenesis. Journal of virology, 81(18), pp.10151–10160.
STOVER, E., M. ARADHYA, L. FERGUSON and C. H. CRISOSTO, 2007. The fig: overview of an ancient fruit. HortScience, 42(5), pp.1083–1087.
TENTCHEV, D., E. VERDIN, C. MARCHAL, M. JACQUET, J. M. AGUILAR and B. MOURY, 2011. Evolution and structure of Tomato spotted wilt virus populations: evidence of extensive reassortment and insights into emergence processes. Journal of general Virology, 92(4), pp.961–973.
WALIA, J. J., A. WILLEMSEN, E. ELCI, K. CAGLAYAN, B. W. FALK and L. RUBIO, 2014. Genetic Variation and Possible mechanisms driving the evolution of worldwide Fig mosaic virus Isolates. Phytopathology, 104(1), pp. 108–114.
ZARGHANI, S. N., M. SHAMS BAKHSH, N. S. BASHIR, and T. WETZEL, 2013. Molecular characterization of whole genomic RNA2 from Iranian isolates of Grapevine fanleaf virus. Journal of Phytopathology, 161(6), pp.419–425. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 803 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 568 |
||