| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,386,973 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,136 |
استفاده از یک سیستم VNTR بومی شده متکی بر دو لوکوس در دسته بندی ژنتیکی جدایه‌های صحرایی بورخولدریا مالئی در ایران | ||
| تحقیقات دامپزشکی و فرآورده‌های بیولوژیک | ||
| مقاله 6، دوره 31، شماره 2، تیر 1397، صفحه 51-58 اصل مقاله (671.91 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله کامل | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2018.109903.1402 | ||
| نویسندگان | ||
| شجاعت دشتی بور1؛ کیوان تدین* 2؛ نادر مصوری3؛ سید کاظم بیدوکی4 | ||
| 1گروه زیست‌شناسی دانشگاه پیام نور، واحد تهران شرق، تهران، ایران. بخش توبرکولین PPD، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 2بخش واکسن های باکتریایی هوازی دامپزشکی، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 3بخش توبرکولین PPD، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 4گروه زیست‌شناسی دانشگاه پیام نور، واحد تهران- شرق، تهران، ایران | ||
| چکیده | ||
| بورخولدریا مالئی باکتری مسبب مشمشه با میزبان‌های عمدتا تک سمی خود سازگای یافته است و قادر به ادامه حیات طولانی در خارج از بدن میزبان نیست. ایران بصورت سالانه اپیدمی‌های این بیماری را تجربه می‌نماید. در سال‌های اخیر ژنوتایپینگ مبتنی بر لوکوس‌های چندگانه متشکل از واحدهای تکرار‌شونده پشت سرهم به عنوان روش انتخابی برای مشمشه پذیرفته شده است. با هدف ارزیابی مقایسه‌ای قدرت تفریق دو لوکوس VNTR به نام‌های VNTR1217 و VNTR13 تکنیک VNTR-PCR بر روی 5 سویه بورخولدیا مالئی ایران اجرا گردید. توالی نوکلئوتیدهای محصولات PCR به منظور اطمینان از درستی اندازه و همچنین ساختار ژنتیکی تعیین گردید. ضمنا تعداد 29 سویه بورخولدریا مالئی نیزدر تحقیق وارد شدند. نتایج نشان دادند همه سویه‌ها در ژنوم خود لوکوس VNTR13 را که در تحقیق حاضر معرفی گردید حمل می نمایند در حالیکه وجود لوکوس VNTR1217 در ژنوم 4 سویه احراز نگردید. اندیکس Nei' di درمورد لوکوس VNTR13 بالاتر از VNTR1217 (0.8 در مقایسه با 0.74) تعیین گردید. تعداد آلل‌های شناخته شده توسط لوکوس‌های VNTR13 و VNTR1217 در میان سویه‌های ایران بترتیب 2 و 3 مورد بود. بر اساس این یافته ها اگر بنا بر انتخاب مجموعه ای از لوکوس های VNTR مناسب برای معرفی یک سیستم جهانی MLVA در مورد بورخولدریا مالئی وجود داشته باشد لازم است همه لوکوس‌های فعلی بر روی کلکسیونی از سویه‌های بورخولدریا مالئی از تمام جهان مورد آزمایش قرار گیرد. انجام چنین تحقیق گسترده‌ای تنها در صورت همکاری میان آزمایشگاه‌های مرجع مورد تایید OIE امکان پذیر خواهد بود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| بورخولدریا مالئی؛ VNTR؛ اپیدمیولوژی؛ ایران | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| A customized dual-locus VNTR combination for genotyping Burkholderia mallei field isolates in Iran | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Sh. Dashtipour1؛ K. Tadayon2؛ N. Mosavari3؛ S.K. Bidouki4 | ||
| 1PPD Tuberculin Department, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. | ||
| 2Veterinary Aerobic Bacteria Vaccines Department, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. | ||
| 3PPD Tuberculin Department, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. | ||
| 4Genetic & Biotechnology department, Faculty of Scinces, Payame Noor University, Tehran Shargh Branch; Thran, Iran. | ||
| چکیده [English] | ||
| Burkholderia mallei, the causative agent of Glanders, is a host-adapted bacterium that does not survive outside of its mostly soliped hosts. Iran is among those countries that experience annual outbreaks of the disease. Recently, multiple locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA) has achieved broad acceptance as the method of choice in genotyping of B. mallei. In order to comparative assessment of diversity indices provided by two tandem repeat loci namely VNTR1217 and VNTR13, five Iranian B. mallei strains were examined by VNTR-PCR. The amplification products were sequenced to guaranty accuracy of sizing and nucleotide structure of unit repeats. A further 29 B. mallei strains were also included in the study. As observed, all the 34 B. mallei strains carried the VNTR13 locus that was characterized by this study while VNTR1217 was missing in the genome of 4 studied strains. A higher Nei's diversity index (Nei' di=0.80) was presented by VNTR13 compared to that of VNTR1217 (Nei's di= 0.74) when MLVA applied on the whole panel of 34 strains. Among the Iranian strains, VNTR13 detected 3 alleles while VNTR1217 found two alleles. Findings of this study back the assumption that if a standard panel of VNTR loci are to be selected for a universal MLVA typing system suitable for B. mallei, all the reported loci from across the world are then expected to assess against a global collection of B. mallei strains. Such extensive investigation is possible only if an international collaboration between OIE-approved Glanders reference laboratories is set. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Burkholderia mallei, VNTR, Epidemiology, Iran | ||
| مراجع | ||
|
1- Carver T., S.R. Harris, T.D. Otto, M. Berriman, J. Parkhill and J.A. McQuillan. 2012. BamView: visualizing and interpretation of next-generation sequencing read alignments. Briefings in bioinformatics 14,203-212. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 456 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 345 |
||