Saba, Farkhondeh, Noroozi, Mostafa, Ghahremaninejad, Farrokh, Amoozegar, Mohammad Ali, Sedghi, Mahshid, Shahzadeh Fazeli, Seyed Abolhassan, Papizadeh, Moslem. (1395). Isolation, purification and identification of three diatom species (Bacillariophyceae) from Gomishan wetland (N. Iran) using phylogeny and silica cell wall ultra-structure analysis. سامانه مدیریت نشریات علمی, 17(1), 28-39. doi: 10.22092/botany.2016.107001
Farkhondeh Saba; Mostafa Noroozi; Farrokh Ghahremaninejad; Mohammad Ali Amoozegar; Mahshid Sedghi; Seyed Abolhassan Shahzadeh Fazeli; Moslem Papizadeh. "Isolation, purification and identification of three diatom species (Bacillariophyceae) from Gomishan wetland (N. Iran) using phylogeny and silica cell wall ultra-structure analysis". سامانه مدیریت نشریات علمی, 17, 1, 1395, 28-39. doi: 10.22092/botany.2016.107001
Saba, Farkhondeh, Noroozi, Mostafa, Ghahremaninejad, Farrokh, Amoozegar, Mohammad Ali, Sedghi, Mahshid, Shahzadeh Fazeli, Seyed Abolhassan, Papizadeh, Moslem. (1395). 'Isolation, purification and identification of three diatom species (Bacillariophyceae) from Gomishan wetland (N. Iran) using phylogeny and silica cell wall ultra-structure analysis', سامانه مدیریت نشریات علمی, 17(1), pp. 28-39. doi: 10.22092/botany.2016.107001
Saba, Farkhondeh, Noroozi, Mostafa, Ghahremaninejad, Farrokh, Amoozegar, Mohammad Ali, Sedghi, Mahshid, Shahzadeh Fazeli, Seyed Abolhassan, Papizadeh, Moslem. Isolation, purification and identification of three diatom species (Bacillariophyceae) from Gomishan wetland (N. Iran) using phylogeny and silica cell wall ultra-structure analysis. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1395; 17(1): 28-39. doi: 10.22092/botany.2016.107001
Isolation, purification and identification of three diatom species (Bacillariophyceae) from Gomishan wetland (N. Iran) using phylogeny and silica cell wall ultra-structure analysis
1MSc Graduate, Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran; Department of Plant Biology, Faculty of Biological Sciences, Kharazmi University, Tehran, Iran
2Assistant Prof., Department of Biotechnology, Faculty of Biological Sciences, Alzahra University, Tehran, Iran
3Prof., Department of Plant Biology, Faculty of Biological Sciences, Kharazmi University, No. 43, Mofatteh Ave., Tehran 15719-14911, Iran (ghahremaninejad@khu.ac.ir)
4Associate Prof., Department of Microbiology, Faculty of Biology and Center of Excellence in Phylogeny of Living Organisms, College of Science, University of Tehran, Tehran; Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran, Iran
5MSc Graduate, Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran, Iran
6Associate Prof., Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran; Department of Molecular and Cellular Biology, Faculty of Basic Sciences and Advanced Technologies in Biology, University of Science and Culture, Tehran, Iran
7PhD Student, Microorganisms Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), (ACECR), Tehran, Iran
چکیده
Diatoms of Gomishan wetland (Golestan province, N. Iran), one of the most significant habitats in the eastern shore of the Caspian Sea, has been isolated, purified and identified during 2013. Using serial dilution and streaking on F/2 medium, pure, monoalgal and axenic cultures of the isolates were prepared. The isolates were characterized and identified using micro-morphological studies on the prepared permanent slides followed by scanning electron-microscopy. To prove the identification results, the most reliable genomic sequence fragments were investigated using GenBank database. Thus, SSU was amplified and analyzed, phylogenetically. The morphology and sequence data of three isolates were assessed which indicated that, the results of phylogenetic analyses of SSU-based sequences can support the morphological studies data. Finally, the isolates were introduced as Fallacia pygmaea, Halamphora coffeiformis andNavicula veneta.
جداسازی، خالصسازی و شناسایی سه گونه دیاتوم (Bacillariophyceae) از تالاب گمیشان براساس آنالیز فیلوژنی و توصیف فراساختار دیواره سیلیسی
نویسندگان [English]
فرخنده صبا1؛ مصطفی نوروزی2؛ فرخ قهرمانینژاد3؛ محمد علی آموزگار4؛ مهشید صدقی5؛ سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی6؛ مسلم پاپیزاده7
1دانشآموخته کارشناسی ارشد، بانک میکروارگانیسمها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران؛ گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران
2استادیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا (س)، تهران، ایران
3استاد گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران (ghahremaninejad@khu.ac.ir)
4دانشیار پردیس علوم، دانشکده زیست شناسی و قطب تبارزایی موجودات زنده، بخش میکروبیولوژی، دانشگاه تهران؛ بانک میکروارگانیسمها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
5دانشآموخته کارشناسی ارشد، بانک میکروارگانیسمها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
6دانشیار بانک میکروارگانیسمها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران؛ گروه زیستشناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم پایه و فناوریهای نوین زیستی، دانشگاه علم و فرهنگ، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
7دانشجوی دکتری بانک میکروارگانیسمها، مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
چکیده [English]
دیاتومهای اپیپلیک تالاب گمیشان (استان گلستان)، یکی از زیستگاههای با ارزش در حاشیه شرقی دریای خزر، در سال 1392 جداسازی، خالصسازی و سپس مورد شناسایی قرار گرفتند. بدین منظور، از روشهای رقیقسازی سریالی و کشت خطی روی محیط کشت f/2 استفاده و کشت خالص تهیه شد. برای شناسایی جدایهها، مطالعات ریزریختشناسی روی لامهای دایمی تهیه شده انجام گردید و همچنین تصاویر میکروسکوپی الکترونی نگاره مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تکمیل روند شناسایی، بهترین توالی برای شناسایی براساس آنالیز توالیهای موجود در GenBank انتخاب شد و پس از تکثیر قطعه کدکننده ژن SSU، مطالعات فیلوژنتیکی انجام پذیرفت. صفات ریختشناسی و اطلاعات مولکولی سه گونه جدا شده بررسی شد و با تفسیر اطلاعات مشخص شد آنالیزهای فیلوژنتیک توالی SSU تایید کننده نتایج مطالعات ریختشناسی میباشد. بر این اساس، آرایههای دیاتوم مورد مطالعه متعلق به گونههای Fallacia pygmaea، Halamphora coffeiformis و Navicula veneta شناسایی شدند.