| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,846 |
| تعداد مقالات | 32,300 |
| تعداد مشاهده مقاله | 41,387,075 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 18,562,164 |
In silico analysis of Omp25 and BLS Brucella melitensis antigens for designing subunit vaccine | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 5، دوره 71، شماره 1، خرداد 2016، صفحه 35-42 اصل مقاله (652.33 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22034/ari.2016.105996 | ||
| نویسندگان | ||
| M. Tahmoorespur* ؛ M.H. Sekhavati؛ S. Yousefi؛ T. Abbassi-Daloii؛ M. Azghandi؛ R. Akbari | ||
| Department of Animal Science, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran | ||
| چکیده | ||
| Brucellosis is a well-known infection in domestic animals which caused by Brucella bacterium. Due to serious economic and medical consequences of this disease, various efforts have been made to prevent the infection through the use of recombinant vaccines based on Brucella outer membrane protein (OMP) antigens. The objectives of the present study were cloning, sequencing and epitope prediction of Omp25 and BLS genes as two major Brucella melitensis antigens. The full-length open reading frame (ORF) of Omp25 and BLS genes were amplified and cloned into pTZ57R/T vector. Phylogenetic analysis of sequenced genes showed that both genes were nearly similar in different Brucella species. Several online prediction softwares were used to predict B and T-cells epitopes, secondary and tertiary structures, antigenicity ability and enzymatic degradation sites. Bioinformatic tools used in the current study were confirmed by the results of three different experimental epitope predictions. Bioinformatic analysis identified five and two B-cell and two and one T-cell epitopes for Omp25 and BLS antigens, respectively. Finally, according to the antigenicity ability and proteosomal recognition site common B and T-cell epitope was predicted for Omp25 (154-162 amino acids) and BLS (37-48 and 119-139 amino acids). Results of this study might be useful for recombinant vaccine development. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Brucella melitensis؛ Omp25؛ BLS؛ Bioinformatics analysis؛ Recombinant vaccine | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| آنالیز بیوانفورماتیکی آنتی ژن های Omp25 و BLS بروسلا ملی تنسیس به منظور طراحی واکسن | ||
| نویسندگان [English] | ||
| مجتبی طهمورث پور؛ محمد هادی سخاوتی؛ سهیل یوسفی؛ طوبی عباسی دلویی؛ مرجان ازغندی؛ راهبه اکبری | ||
| گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| بروسلوز یکی از رایج ترین بیماری های دامی است که توسط باکتری گرم منفی بروسلا ایجاد می‌شود. با توجه به ضرر‌های جدی اقتصادی و درمانی این بیماری که برای دام و انسان همواره به ارمغان دارد تلاش‌های بسیاری جهت جلوگیری و درمان این بیماری توسط واکسن‌های نوترکیب بر پایه آنتی ژن‌های غشای پروتئینی خارجی صورت می‌گیرد. بدین منظور هدف از مطالعه حاضر بررسی خصوصیات بیوانفورماتیکی آنتی ژن های Omp25 و BLSبه عنوان یکی از آنتی ژن های غالب غشای پروتئینی باکتری بروسلا بوده است. به منظور انجام توالی‌یابی و بررسی فیلوژنتیکی، ژن تکثیر شده به ناقل pTZ57R/T انتقال داده شد. حضور ژن هدف در ناقل کلونینگ pTZ57R/T با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز و هضم آنزیمی تایید شد. نتایج این مطالعه نشان داد که این ژن همولوژی بالایی با دیگر گونه های بروسلا دارد. در این پژوهش از نرم افزار‌های بیوانفورماتیکی مختلفی برای پیش بینی اپی توپ‌های B و T ، ساختار دوم و سوم پروتئین، خصوصیات ایمنی زایی و ویژگی‌های هضم پروتئین استفاده گردید. پیش از استفاده از نرم افزار ها میزان دقت آنها توسط داده های تجربی اعتبار سنجی گردید. نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد ناحیه 154-162 Omp25 و نواحی 37-48 و 119-139 برای BLS به عنوان یک اپی توپ مشترک بین سلول های B و T جهت طراحی واکسن نوترکیب پیش بینی گردید. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| بروسلا ملیتنسیس, Omp25, BLS, تحلیل آمار حیاتی, واکسن نوترکیب | ||
| مراجع | ||
|
Berzofsky, J.A., 1985. Intrinsic and extrinsic factors in protein antigenic structure. Science 229, 932-940. Buus, S., Lauemoller, S.L., Worning, P., Kesmir, C., Frimurer, T., Corbet, S., Fomsgaard, A., Hilden, J., Holm, A., Brunak, S., 2003. Sensitive quantitative predictions of peptide-MHC binding by a 'Query by Committee' artificial neural network approach. Tissue Antigens 62, 378-384. Cassataro, J., Estein, S.M., Pasquevich, K.A., Velikovsky, C.A., de la Barrera, S., Bowden, R., Fossati, C.A., Giambartolomei, G.H., 2005. Vaccination with the recombinant Brucella outer membrane protein 31 or a derived 27-amino-acid synthetic peptide elicits a CD4+ T helper 1 response that protects against Brucella melitensis infection. Infect Immun 73, 8079-8088. Chen, P., Rayner, S., Hu, K.H., 2011. Advances of bioinformatics tools applied in virus epitopes prediction. Virol Sin 26, 1-7. Cloeckaert, A., Verger, J.M., Grayon, M., Zygmunt, M.S., Grepinet, O., 1996. Nucleotide sequence and expression of the gene encoding the major 25-kilodalton outer membrane protein of Brucella ovis: Evidence for antigenic shift, compared with other Brucella species, due to a deletion in the gene. Infect Immun 64, 2047-2055. Cutler, S.J., Whatmore, A.M., Commander, N.J., 2005. Brucellosis--new aspects of an old disease. J Appl Microbiol 98, 1270-1281. Delpino, M.V., Estein, S.M., Fossati, C.A., Baldi, P.C., Cassataro, J., 2007. Vaccination with Brucella recombinant DnaK and SurA proteins induces protection against Brucella abortus infection in BALB/c mice. Vaccine 25, 6721-6729. Donnes, P., Elofsson, A., 2002. Prediction of MHC class I binding peptides, using SVMHC. BMC Bioinformatics 3, 25. Edmonds, M.D., Cloeckaert, A., Elzer, P.H., 2002. Brucella species lacking the major outer membrane protein Omp25 are attenuated in mice and protect against Brucella melitensis and Brucella ovis. Vet Microbiol 88, 205-221. Geourjon, C., Deleage, G., 1995. SOPMA: significant improvements in protein secondary structure prediction by consensus prediction from multiple alignments. Comput Appl Biosci 11, 681-684. Gu, J., Bourne, P.E., 2009. Structural Bioinformatics, Wiley. Gupta, V.K., Vohra, J., Kumari, R., Gururaj, K., Vihan, V.S., 2012. Identification of Brucella isolated from goats using PstI sitepolymorphism at Omp2 gene loci. Indian J Anim Sci 82, 240–243. Hopp, T.P., Woods, K.R., 1981. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc Natl Acad Sci U S A 78, 3824-3828. Karthik, K., Rathore, R., Verma, A.K., Tiwari, R., Dhama, K., 2013. Brucellosis – still it stings? Livestock Technol 2, 8-10. Li, Y., Liu, X., Zhu, Y., Zhou, X., Cao, C., Hu, X., Ma, H., Wen, H., Ma, X., Ding, J.B., 2013. Bioinformatic prediction of epitopes in the Emy162 antigen of. Exp Ther Med 6, 335-340. Noguchi, H., Kato, R., Hanai, T., Matsubara, Y., Honda, H., Brusic, V., Kobayashi, T., 2002. Hidden Markov model-based prediction of antigenic peptides that interact with MHC class II molecules. J Biosci Bioeng 94, 264-270. Pappas, G., Papadimitriou, P., Christou, L., Akritidis, N., 2006. Future trends in human brucellosis treatment. Expert Opin Investig Drugs 15, 1141-1149. Rajagunalan, S., Kumari, G., Gupta, S.K., Kumar, A., Agarwal, R.K., Rawool, D.B., Singh, D.K., 2013. Molecular characterization of Omp31 gene of Indian field Isolates of Brucella melitensis. Indian J Anim Sci 83 673–677. Sambrook, J., Russell, D.W., 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY. Simon, G.G., Hu, Y., Khan, A.M., Zhou, J., Salmon, J., Chikhlikar, P.R., Jung, K.O., Marques, E.T., August, J.T., 2010. Dendritic cell mediated delivery of plasmid DNA encoding LAMP/HIV-1 Gag fusion immunogen enhances T cell epitope responses in HLA DR4 transgenic mice. PLoS One 5, e8574. Steere, A.C., Drouin, E.E., Glickstein, L.J., 2011. Relationship between immunity to Borrelia burgdorferi outer-surface protein A (OspA) and Lyme arthritis. Clin Infect Dis 52 Suppl 3, s259-265. Toes, R.E., Nussbaum, A.K., Degermann, S., Schirle, M., Emmerich, N.P., Kraft, M., Laplace, C., Zwinderman, A., Dick, T.P., Muller, J., Schonfisch, B., Schmid, C., Fehling, H.J., Stevanovic, S., Rammensee, H.G., Schild, H., 2001. Discrete cleavage motifs of constitutive and immunoproteasomes revealed by quantitative analysis of cleavage products. J Exp Med 194, 1-12. Wass, M.N., Sternberg, M.J., 2009. Prediction of ligand binding sites using homologous structures and conservation at CASP8. Proteins 77 Suppl 9, 147-151. Zhang, W., Liu, J., Zhao, M., Li, Q., 2012 . Predicting linear B-cell epitopes by using sequence-derived structural and physicochemical features. Int J Data Min Bioinform 6, 557-569. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 4,808 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 2,798 |
||